В правление Карла II к католицизму относились более или менее терпимо, хотя католикам пришлось признать власть протестантского монарха. В остальном это был период мира и экономического прогресса. Британский парламент ввел ограничения на торговлю ирландским скотом и шерстью. Но другие продукты, такие как мясо и сливочное масло, свободно продавались в Англию и Европу. Население росло, и, хотя протестанты по-прежнему держали в руках большую часть земель, правительство и коммерцию, существовала также небольшая, но влиятельная группа католических дворян, профессиональных деятелей (в основном юристов) и торговцев, которые составляли функциональный католический высший и средний класс. Когда в 1685 году Карл II умер и ему наследовал его брат-католик Яков II, эти люди почувствовали некоторую надежду на возвращение своих земель и полное признание своей веры. Поначалу казалось, что Яков уступит давлению протестантов в английском парламенте, и изначально он обещал сохранить Акты о поселении, гарантировавшие господство протестантов. Но вскоре он назначил в Ирландию католического наместника, который реорганизовал ирландскую армию, убрав из нее многих протестантов и заменив их католиками. Кроме того, католикам начали давать должности судей и правительственных чиновников. Также разрабатывались планы пересмотра Актов о поселении в пользу католиков. Эти изменения (и аналогичные изменения в Англии) заставили многих протестантов считать Якова тираном и испытывать опасения за свою веру. В 1688 году группа английских дворян пригласила голландского принца Вильгельма Оранского вторгнуться в Англию и восстановить протестантскую монархию. В декабре 1688 года Яков бежал во Францию искать защиты у Людовика XIV. В феврале 1689 года Вильгельм и его жена Мария были коронованы как соправители Англии. В марте Яков в попытке вернуть себе трон вторгся в Ирландию, которую он надеялся использовать в качестве плацдарма для дальнейшего вторжения в Англию.
Яков созвал ирландский парламент, заключил ряд соглашений, отменявших Акты о поселении, и предложил установить религиозное равенство, согласно которому католики будут платить десятину своей церкви, а протестанты – своей. Однако по распоряжению Якова ирландский парламент оставался подчиненным английскому парламенту и короне. В 1689 году Яков и Вильгельм начали войну, главным образом для того, чтобы решить вопрос, кто из них будет носить английскую корону. Но от этого также зависело будущее Ирландии и отношения между главными европейскими державами. Европейские лидеры поддерживали обоих соперников, руководствуясь при этом не только религиозными соображениями. Император Священной Римской империи, католический король Испании и папа римский встали на сторону протестанта Вильгельма. Людовик XIV Французский поддержал Якова. Война началась в Ольстере, где Яков потерпел неудачу. Организованная им осада Дерри была триумфально прорвана в июле 1689 года, и армия Якова отступила к югу. В 1690 году Вильгельм лично повел войска в Ирландию и 1 июля встретился с Яковом на реке Бойн около Дроэды. Силы Вильгельма значительно превосходили численностью силы Якова. И хотя сам Вильгельм был ранен в битве, победа в конечном итоге осталась за ним. 4 июля Яков снова бежал во Францию. Война продолжалась до 1691 года – все это время остатки сил Якова вели в Ирландии арьергардные бои (особенно в Лимерике). Наконец большая часть страны пришла к соглашению с Вильгельмом, а затем люди Якова 3 октября 1691 года подписали с командующим Вильгельма, голландским генералом Гинкелем, Лимерикский договор. По этому договору солдатам Якова (их стали называть «Дикие гуси») разрешалось удалиться в изгнание во Францию. Договор также предоставлял католикам некоторые утраченные имущественные и профессиональные права. Однако ирландский парламент, состоявший в основном из протестантов, отказался ратифицировать этот документ, из-за чего все достигнутые договоренности оказались потеряны. После этого большинство ирландских католиков перестали доверять обещаниям англичан и будущим соглашениям с ними.
После срыва Лимерикского договора протестанты в Ирландии значительно усилились и заняли доминирующие позиции. Ирландский парламент стал полностью протестантским. Хотя некоторые видные члены протестантского сообщества желали для Ирландии расширения внутренних свобод, многие чувствовали, что нуждаются в английской защите от потенциально враждебного католического большинства. Кроме того, Англия вступила в войну Аугсбургской лиги (1689–1697) против Франции. Многие ирландцы при Людовике XIV служили во французской армии – это были прославленные «Дикие гуси», которые покинули Ирландию после Лимерикского договора в 1691 году. Поэтому протестанты в Ирландии боялись французского вторжения, а также того, что местные католики могут его поддержать. Такой была обстановка на момент введения законов против папистов.