Это поражение поставило Парнелла в трудное положение в парламенте. До этого момента его партия могла держать либеральное правительство в заложниках, угрожая, что будет голосовать вместе с консерваторами. Но как только значительная часть либералов отвернулась от Гладстона и его плана самоуправления, угроза Парнелла потеряла смысл. Мятежные либералы были для Гладстона намного опаснее, чем партия Парнелла. Несогласие со столь важной частью политики либерального правительства означало, что в 1886 году Гладстону пришлось назначить новые выборы. Вопрос самоуправления Ирландии занимал на них главное место, но Гладстону они принесли сокрушительное поражение, и к власти пришли консерваторы лорда Солсбери. Однако движение за самоуправление сохранило большую поддержку в Британии, а в Ирландии даже усилилось. Во взглядах многих воинствующих националистов произошли перемены – теперь они были согласны добиваться своего конституционными методами через палату общин. Таким образом, связи Ирландской парламентской партии с либералами, выступавшими за самоуправление Ирландии, окрепли. Сам Гладстон продолжал вести кампанию за самоуправление и в конце 1880-х годов привлек множество сторонников.
Активная деятельность движения за самоуправление вызвала не менее активное сопротивление, привлекавшее широкое внимание публики как в Британии, так и в Ирландии. Газета Times, в целом консервативная, юнионистская и выступающая в интересах правительства, пыталась оклеветать движение за самоуправление, приписывая ему преступные связи. В марте–декабре 1887 года, когда в Ирландии проходили демонстрации националистов, и после убийства в Феникс-парке (см. 5-ю главу) Times опубликовала серию статей под названием «Парнеллизм и преступность». Материалом для них послужили несколько писем, якобы написанных самим Парнеллом и раскрывавших его связь с убийствами в Феникс-парке и терроризмом в целом. В редакционной статье Times утверждала, что Гладстон, сам того не осознавая, связался с «худшими из преступников, с агентами и орудиями заговоров и убийств». Парнелл осудил эти письма, заявил в палате общин, что не писал ничего подобного, и потребовал правительственного расследования. Однако правительство Солсбери решило расследовать не подлинность писем, а выдвинутые против Парнелла обвинения, тем самым как бы намекая, что Ирландская парламентская партия действительно связана с террористами. Но расследование принесло прямо противоположный результат: было доказано, что письма подделаны одним недовольным ирландским националистом. Это значительно повысило популярность Парнелла и помогло Гладстону примирить британскую общественность с мыслью о самоуправлении. Сторонников самоуправления стали воспринимать как прогрессивных реформаторов, а не как пособников терроризма. Общественное мнение склонилось в пользу Парнелла и либералов, а авторитет Times оказался серьезно подорван.
В 1889 году политическая репутация Парнелла была восстановлена, но вскоре его снова ждала крупная неудача, а его Ирландскую парламентскую партию – серьезный раскол, и причиной всего этого стала его личная жизнь. У Парнелла был роман с женой члена партии, капитана О’Ши. С 1886 года Парнелл жил с Кэтрин О’Ши в юго-восточной части Лондона. Из-за этого он проводил меньше времени в палате общин (и еще меньше в Ирландии), не уделял должного внимания делам самоуправления и не принимал активного участия во второй фазе Земельной войны, получившей название «План борьбы». Хотя Земельный закон 1881 года закрепил «три F», ирландские фермеры, особенно на юге и западе, продолжали страдать от сельскохозяйственного кризиса.