Дебаты в Дойл Эрен по поводу Англо-ирландского договора 1921 года задали ирландской политике конфронтационный тон, характерный для Ирландского Свободного государства все первые годы его существования. Сторонники договора называли себя «Куманн на Гэйл», а противники договора во главе с де Валерой сохранили название «Шинн Фейн». Эти последние считали договор предательством по отношению к той Республике, которую провозгласил Патрик Пирс во время Пасхального восстания 1916 года. Поскольку Дойл Эрен ратифицировал договор, де Валера и его последователи отказались признать авторитет этого органа и вышли из него. Артур Гриффит, как глава «Куманн на Гэйл», 10 января 1922 года был избран президентом Дойл Эрен. Помимо конституционной борьбы между двумя основными партиями, существовала также серьезная проблема с ИРА. После того как британские военные и полицейские силы начали покидать места своего расположения по всей стране, ИРА захватывала эти посты. Майкл Коллинз продолжал по большей части контролировать Ирландское республиканское братство, многие члены которого занимали высокие посты в ИРА. Поэтому Коллинз смог убедить около половины ИРА присоединиться к новой Армии Свободного государства. Другую половину ИРА составляли воинственно настроенные республиканцы, которые остались верны силам, выступавшим против договора. Поляризация основных вооруженных сил в Свободном государстве через некоторое время привела к опустошительной гражданской войне между сторонниками и противниками договора. Члены ИРА, выступавшие против договора, создали собственные военные формирования (которые сторонники договора называли Нерегулярными войсками). В апреле 1922 года эти Нерегулярные войска заняли здание Четырех судов в Дублине и устроили там штаб-квартиру. После неудачных переговоров Майкл Коллинз, как глава Армии Свободного государства, 28 июня 1922 года приказал обстрелять здание Четырех судов. Эта атака, хотя и вполне успешная, еще больше расколола общественное мнение, и многие не воюющие члены «Шинн Фейн», включая де Валеру, присоединились к Нерегулярным войскам.
Так началась Гражданская война в Ирландии. Хотя Армия Свободного государства без труда выиграла несколько сражений в окрестностях Дублина, Нерегулярные войска вскоре развернули партизанскую войну в других районах страны. Католическая церковь призывала людей согласиться с Англо-ирландским договором 1921 года и называла убийство солдат Свободного государства в ходе войны «душегубством», повинные в котором не смогут получить причастие и отпущение грехов на исповеди. Однако позиция церкви в отношении национализма и национального идеала была не столь однозначной, как может показаться. Некоторые священники и епископы симпатизировали силам, выступавшим против договора.
Самые тяжелые бои развернулись летом. 22 августа Майкл Коллинз попал в засаду в графстве Корк и был убит. Но через некоторое время стало ясно, что Армия Свободного государства оказалась слишком сильным противником для Нерегулярных войск, и 30 апреля 1923 года те объявили о прекращении огня. 24 мая де Валера приказал своим последователям сложить оружие. Тем временем 12 августа 1922 года умер от кровоизлияния в мозг Артур Гриффит, председатель Дойл Эрен. Смерть Коллинза и Гриффита оставила Свободное государство без основных руководителей. Новый глава Свободного государства Уильям Косгрейв занял крайне жесткую позицию в отношении пленных из Нерегулярных войск – многие были интернированы, почти 80 человек казнены, причем среди них были и участники Пасхального восстания. В следующие десять лет Ирландское Свободное государство под руководством Косгрейва и партии «Куманн на Гэйл» пыталось сгладить ущерб, нанесенный Войной за независимость и Гражданской войной. Была сформирована полицейская служба Гарда Шихана (Garda Síochána, основана 8 августа 1923 года) и создана государственная инфраструктура. Между тем в октябре 1924 года собралась созданная в соответствии с Англо-ирландским договором Комиссия по границам, которая должна была определить будущие границы между Ирландским Свободным государством и провинцией Северная Ирландия. Напряженные, полные противоречий переговоры продолжались до конца 1924 года и большую часть 1925 года. Их кульминацией стала встреча в Лондоне в конце ноября – начале декабря 1925 года, во время которой Свободное государство признало, что Северная Ирландия никогда добровольно не войдет в состав Объединенной Ирландии, и согласилось, при условии определенных финансовых уступок со стороны британского правительства, оставить границу там, где она проходила на тот момент. В качестве ответа на доклад Комиссии по границам Косгрейв начал проводить националистическую культурную политику, чтобы не потерять поддержку националистического общественного мнения. Одним из первых шагов в этом направлении стало использование в системе образования ирландского языка для «возвращения стране ирландского духа».