Тем временем в мае 1848 года армия Бурбонов в кровопролитном сражении победила восставших в Неаполе, а к концу 1848 – началу 1849 года армии удалось вернуть полный контроль над Сицилией. В Риме между тем был избран новый папа римский – Пий IX (1846–1878), ставший реформатором. Он ослабил цензуру, сформировал местные органы управления в Риме, а также в 1848 году даровал Папской области конституцию. Однако Пий не желал присоединяться к Пьемонту в его войне против католиков Габсбургов. Как следствие, в 1849 году его свергли, и было объявлено создание республики. Такой ход событий был вопиющим нарушением старых порядков, взбудоражившим всю католическую Европу, многие страны которой выдвинулись на помощь Пию. Из Тулона большое французское войско смогло быстро – с помощью паровозов – добраться в Чивитавеккью и взять в осаду Рим, который был захвачен в 1849 году. Свою роль также сыграли испанские и неаполитанские войска: последние в сентябре получили от Пия на эспланаде королевского дворца в Неаполе благословение. Тем временем австрийские силы восстановили папскую власть на востоке Апеннин и вернули старый порядок в Тоскане. В Национальном музее Сан-Мартино (Muzeo Naztionale di San Martino) в Неаполе хранится работа, на которой Акилле Веспа запечатлел момент благословения Пием IX неаполитанских солдат.
В 1850 году Пий IX вернулся в Рим – уже не либералом. В 1854-м он определил непорочное зачатие как догмат веры, что было крайне важно для культа Девы Марии, а в 1864 году он, в качестве одной из частей энциклики