Помимо органов Советской власти, беспощадные меры принимало военное руководство. Комбриг Рахманов, командующий вооруженными силами в районе Омск – Тюмень, 15 февраля отдал приказ: железнодорожные линии Омск – Тюмень и Омск – Челябинск разделить на определенные участки. Возложить ответственность за сохранность каждого участка, прилегающего к 10—верстной полосе по обе стороны от железной дороги, на местное население, из которого взять сразу же заложников. Объявить жителям деревень, входящих в указанную полосу, что в случае повторения налетов на железную дорогу заложники будут расстреляны без суда. Этот приказ предписывалось широко распространить среди местного населения, расклеив его на видных местах[970]
. Челябинский губисполком специальным постановлением от 16 февраля 1921 г. объявил населению, что за порчу дорог, мостов, средств связи, поджоги, виновные подлежали расстрелу, их имущество – немедленной конфискации и передаче семьям красноармейцев. Тюменский губисполком 5 марта объявил о конфискации имущества причастных к восстанию[971]. Член чрезвычайной тройки Сибревкома, полномочный представитель ВЧК в Сибири И. П. Павлуновский 14 февраля 1921 г. издал инструкцию местным органам ВЧК «О применении высшей меры наказания в районе, охваченном восстанием». В соответствии с инструкцией подлежали расстрелу: руководители движения; занимавшие командные должности в отрядах повстанцев; повстанцы, взятые в плен и освобожденные, в случае, если они вторично попали в плен в боях с советскими войсками; не сдавшие огнестрельного оружия после того, как был опубликован приказ о сдаче оружия; уличенные в поджоге, порче железнодорожных путей и железнодорожных сооружений, телеграфных проводов[972]. Инструкция была передана органам ЧК во всех уездах, охваченных восстанием. Свирепствовали выездные сессии Сибирского реввоентрибунала.