Латинянам уже принесла пользу раздробленность, поразившая мусульманскую Сирию. Не желая отложить хотя бы на время свои разногласия и, возможно, ошибочно принимая крестоносцев за византийских наёмников, Докак Дамасский и Ридван Алеппский откликнулись на просьбу Яги-Сияна, отправив ему отдельные нескоординированные силы в декабре 1097 и феврале 1098 года. Если бы эти два великих города объединили свои ресурсы в течение зимы, они вполне могли похоронить Первый крестовый поход у стен Антиохии. А так франки успешно отразили нападения обеих армий, хотя и не без потерь.
Крестоносцам также было хорошо известно, что ближневосточный ислам был разъединён из-за раскола между суннитами и шиитами, и по совету Алексея Комнина они решили использовать это разделение, установив контакт с шиитской династией Фатимидов из Северной Африки. Сделали они это ещё летом 1097 года. В начале февраля последовал ответ — в христианский лагерь у стен Антиохии прибыло посольство от аль-Афдаля, египетского визиря, чтобы обсудить возможность переговоров с первыми крестоносцами. Визит мусульманских послов не был ни скоротечным, ни тайным. Они оставались в лагере крестоносцев не меньше месяца, и об их присутствии там было хорошо известно. Приём этого посольства почти не вызвал критики. Этьен де Блуа, не испытывая никаких сомнений по этому поводу, написал жене, что Фатимиды «установили мир и согласие с нами». В Антиохии крестоносцы и египтяне не достигли никаких определённых соглашений, но последние предложили «дружбу и хорошее обращение», и в интересах поддержания такого курса латинские послы были отправлены в Северную Африку, получив задание «заключить дружественный пакт».
До начала лета 1098 года первые крестоносцы успешно использовали дипломатию и упреждающую военную интервенцию, чтобы предотвратить прямую контратаку мусульман. В конце мая, однако, пронёсся слух о появлении нового врага. Судя по всему, султан Багдада наконец откликнулся на отчаянные призывы о помощи и отправил на выручку Яги-Сияну мощную армию. 28 мая разведчики, вернувшись в лагерь христиан, подтвердили, что
Новость о том, что суннитский ислам наконец объединился против крестоносцев, привела их лидеров в ужас. Желая скрыть эти неприятные известия от широких масс, чтобы не вызвать панику и дезертирство, они созвали срочный совет для обсуждения дальнейших действий. Хотя кольцо вокруг города было плотным и сопротивление Яги-Сияна слабело, скорого окончания блокады не предвиделось. Франки не могли выступить против Кербоги в открытом сражении, поскольку численное превосходство врага было слишком большим — два к одному. К тому же им катастрофически не хватало лошадей. Получалось, что после стольких жертв и лишений армии христиан предстояло быть разбитой у стен Антиохии наступающей мусульманской ордой. В этот момент кризиса, когда крестоносцы были в смятении, вперёд выступил Боэмунд. Он сказал, что, учитывая затруднительное положение, тот, кто сможет организовать падение Антиохии, должен иметь законное право на город, и после долгих споров крестоносцы с этим согласились, но с оговоркой, что город должен быть передан Алексею I Комнину, если он этого потребует. Заключив сделку, Боэмунд раскрыл карты. Оказалось, что он вступил в контакт с ренегатом в Антиохии, командиром башни — армянином по имени Фируз, который был готов сдать христианам город.
Спустя несколько дней, в ночь с 2 на 3 июня, небольшая группа людей Боэмунда использовала лестницу из бычьих шкур, чтобы забраться на изолированную часть городской юго-восточной стены, где ждал Фируз. Даже с помощью предателя эта вылазка была настолько рискованной, что сам Боэмунд предпочёл дожидаться внизу, потому что, если поднимется тревога, смельчаки наверняка будут убиты. Однако всё прошло хорошо. Стражники на трёх ближайших башнях были быстро и бесшумно убиты, и были открыты маленькие боковые ворота. До этого момента следовало действовать скрытно, но, когда христиане вошли в город, Боэмунд велел трубить в сигнальные трубы, чтобы начать общую атаку на цитадель Антиохии. Ночную тишину взорвали боевые кличи франков: «Этого хочет Бог!» В городе среди мусульман началась паника, гарнизон пребывал в полном замешательстве, а уцелевшие христиане, жившие в Антиохии, устремились к остальным городским воротам, чтобы открыть их и впустить своих собратьев по вере.