В начале июня 1098 года Кербога приступил ко второй осаде Антиохии с упорством и целеустремлённостью. Он разбил главный лагерь в нескольких милях к северу от города, установил контакт с мусульманами, удерживавшими цитадель, и начал собирать силы в крепости и вокруг неё на восточных, менее крутых склонах горы Силпиус. Солдаты так же развернулись, чтобы блокировать ворота Святого Павла на севере города. Первоначальная стратегия Кербоги была основана на агрессивной лобовой атаке, направленной через цитадель Антиохии и её окрестности. К 10 июня он был готов начать стремительное нападение. В течение четырёх следующих дней волны мусульман одна за другой атаковали город, а Боэмунд возглавил отчаянное сопротивление франков, стремящихся во что бы то ни стало сохранить контроль над восточными стенами города. Это было самое напряжённое и жестокое сражение из всех, в которых крестоносцам довелось участвовать. Оно не прерывалось ни на минуту от рассвета до наступления темноты, так что, по словам одного очевидца,
Из чистого упрямства те, кто остался, всё же удержались на своих позициях. А в ночь с 13 на 14 июня в небе появилась падающая звезда и упала в лагерь мусульман. Крестоносцы истолковали это как добрый знак, потому что уже на следующий день людей Кербоги видели спускающимися с горы Силпиус. Но передислокация мусульманских армий, вероятно, была вызвана стратегическими соображениями. Не сумев сломить сопротивление франков в лобовой атаке, Кербога решил прибегнуть к другой тактике. Стычки всё ещё имели место ежедневно, но с 14 июня мусульмане сосредоточились на окружении Антиохии. Основные силы армии Аббасидов остались в главном лагере к северу от города, но крупные подразделения были развёрнуты так, чтобы блокировать ворота Моста и Святого Георгия. Установив эти кордоны, Кербога надеялся ограничить контакты франков с внешним миром и заставить их голодать.
Продовольствия было мало с тех самых пор, как крестоносцы вошли в Антиохию. Теперь запасов стало ещё меньше, и страдания латинян возросли. Один христианин, участник событий, вспоминал о тех страшных днях: