Сопротивление было быстро сломлено, и крестоносцы ворвались в Антиохию, одержимые желанием вознаградить себя за восемь месяцев лишений. В тусклом свете занимавшегося рассвета началась бойня. Один латинянин, участник событий, написал, что они не щадили ни одного мусульманина, невзирая на пол и возраст. Земля была залита кровью, везде валялись трупы, причём некоторые из убитых были христианами — греками, сирийцами, армянами. И неудивительно: в темноте не было видно, кого следует убивать, а кого миловать. Впоследствии один крестоносец описал, как
Хитрый план Боэмунда оказался успешным, завершив первую осаду Антиохии. Но времени отметить это событие не оказалось. 4 июня, через день после падения города, к нему подошёл авангард армии Кербоги. Мусульмане окружили город, и крестоносцы оказались запертыми внутри его.
Вторая осада Антиохии в июне 1098 года стала тяжелейшим испытанием для крестоносцев. Латиняне избежали войны на два фронта, но оказались осаждёнными в стенах города. Лишённый ресурсов ещё во время первой осады город почти ничего не мог им предложить — ни военного снабжения, ни продовольствия. А поскольку цитадель оставалась в руках противника, положение было более чем серьёзным. Экспедиция оказалась на грани полного уничтожения.
Крестоносцы могли надеяться только на давно ожидаемый подход византийской армии под командованием Алексея Комнина. Франки не знали, что волею обстоятельств они лишились даже этой призрачной надежды на спасение. 2 июня, как раз перед тем, как Антиохия оказалась в руках латинян, один из лидеров крестоносцев — Этьен де Блуа, рассудив, что у крестоносцев нет надежды на спасение, решил бежать. Притворившись больным, он отбыл на север и двинулся через Малую Азию. Его отъезд, вероятно, нанёс огромный ущерб боевому духу, но вред, причинённый Этьеном всему движению крестоносцев в целом, оказался стократ больше.
В центральной части Анатолии он встретил императора Алексея и его армию, остановившуюся в городе Филомелиум. На протяжении всей блокады Антиохии крестоносцы ожидали греческого подкрепления, но Алексей был занят, захватывая побережье Малой Азии. Когда Этьен сообщил, что франки к этому времени, вероятнее всего, наголову разбиты, император принял решение возвращаться в Константинополь. В решающий момент Византия подвела крестоносцев, и греки так до конца никогда и не были прощены. А Этьен вернулся во Францию, чтобы услышать из уст собственной жены обвинение в трусости.
Таким образом, крестоносцы остались один на один с ордой Кербоги. Полководец из Мосула оказался грозным соперником. Для франков он был официально назначенным главнокомандующим армией багдадского султана, но было бы неправильно думать, что Кербога был обычным слугой халифа династии Аббасидов. Вынашивая собственные честолюбивые планы, он быстро понял, что война против франков в Антиохии даёт ему превосходную возможность захватить контроль над Сирией для себя лично. Шесть месяцев Кербога самым тщательным образом планировал и закладывал дипломатический и военный фундамент своей кампании, собирая по кусочкам грозную мусульманскую коалицию. К ней присоединились армии из Сирии и Месопотамии, включая отряд из Дамаска, но большинство из них подталкивала не ненависть к христианам и даже не набожность, а страх перед Кербогой, человеком, который, казалось, был судьбой предназначен для управления сельджукским миром.