Выйдя благополучно из опасного кризиса, Иван Васильевич энергично его ликвидирует. Против хана и короля он закрепляет союз с Крымом. 80-е гг. – время спокойное на востоке, т. к. Ибрагим казанский приведен к миру на всей воле великого князя, Орда же доживает последние годы до разорения ее крымцами в 1502 г. в полном бессилии. По отношению к Литве Иван Васильевич начинает дипломатическое наступление сношениями с господарем Стефаном Волошским и королем венгерским Матвеем Корвином и перетягиванием на свою сторону «верховских князей». С братьями Иван Васильевич улаживается небольшими уступками, далекими от данных в трудную минуту обещаний, чтобы приступить к систематическому упразднению их владельческой силы. Теперь у него развязаны руки и для ликвидации новгородского дела. После всей испытанной тревоги потребность твердо стать на этой западной границе должна была сильно обостриться. Немцы продолжали тревожить псковские волости, и великий князь посылал им в помощь новгородских воевод, а в феврале 1481 г. подоспел и московский вспомогательный отряд с князем Ярославом Оболенским и Иваном Булгаком. Наступательные действия – взятие Каркуса и Вельяда – привели к миру, который заключили с магистром новгородские воеводы при участии псковских посадников; тогда же «пойманы» в Новгороде братья-бояре Василий Казимир и Яков Короб, Берденев да Федоров. Это было только началом расправы. Зимой 1483/84 г. из Новгорода пришел «обговор» на нескольких бояр за прежние сношения с Литвой. Он был вызван, по-видимому, возвращением из Литвы Ивана Кузьмина, бывшего посла к Казимиру, который бежал в Литву, да не ужился там. Великий князь велел поймать «всех их больших и житьих людей», человек с тридцать, допросить с пыткой, присудил было повесить, но, не добившись твердых улик, кинул их в тюрьму окованными, а их семьи разослал в ссылку. Затем ряд «больших бояр новгородских и боярынь» потерял все свое состояние и положение. Великий князь «казны их и села все велел отписати на себя, а им подавал поместья (так выражается поздний Никоновский свод) на Москве по городам». На этот раз, таким образом, потерпели опалу не только те, кто «коромолу держали». Дело шло об уничтожении местного новгородского боярства, которому оставалась одна дорога – войти в состав московского служилого класса. Обширные боярские вотчины были отписаны на государя, бояре выведены из Новгорода и водворены на жалованных землях в московской служилой среде, теряя всякий самостоятельный земский вес, теряя значение членов правящей среды и политической силы. По государеву изволению были при этом «распущены из княжеских дворов и из боярских служилые люди», а затем «испомещены» на конфискованных боярских землях уже как государевы служилые люди. Картина та же, какую мы уже встретили еще в 60-х гг. XV в. по отношению к Ярославлю.
Однако и водворение на развалинах новгородского народоправства московских порядков шло с большими трениями. Оно требовало не только разрушения старины, но и построения новых порядков и навыков, утверждение которых давалось лишь с большим напряжением – и наместничьего насилия, и общественного негодования. Ведь вольным людям новгородским предстояло преобразиться в холопов государевых, расстаться с сознанием, что все отношения должны опираться на обычно-правовую основу «старины и пошлины», обеспеченную общественной традицией и политическим договором, и подчиниться безусловной воле государя-вотчинника. В новгородской жизни стали утверждаться чуждые церковные и административные порядки. Боевое настроение ломки придавало их водворению формы поругания местных традиций властной и враждебной силой. Преемник владыки Феофила, выходец из Троице-Сергиева монастыря, внес в предания эпохи агонии Великого Новгорода момент оскорбления церковно-религиозного чувства, заставил своим поведением испытать ощущение торжества грубой силы, чуждой уважения к местным новгородским святыням, к новгородскому религиозному быту. Ему, преемнику святителя, низложенного вопреки канонам не за ересь какую-либо, а по чисто политическому поводу, приписывали кощунственное неуважение к мощам новгородского святого Моисея. Более реально винили его за то, что он пришел на владычество из Москвы «к гражданом, яко плененным», держал себя с крайней гордыней, увеличил поборы «владычни», введя «многи новые пошлины», и злоупотреблял пастырским судом, немилосердно «испродавая» попов и игуменов. А в Москве вражду между архиепископом Сергием и новгородцами объяснили тем, что «нехотяху Новгородци покоритися ему, что не по их мысли ходить». Сергий недолго пробыл на владычестве и сошел с кафедры в психическом расстройстве: по новгородским свидетельствам – от угрызений совести и покаранный новгородскими святыми за неправое святительство; по московским – из-за злостного волшебства новгородцев.