Вскоре после мятежа на Красной Горке 1919 года шесть матросов с линкора «Андрей Первозванный», призывавшие команду присоединиться к мятежникам Красной Горки, по приказу наркомвоенмора Л. Д. Троцкого были расстреляны с формулировкой «за призыв к дезертирству». Этот вердикт пытался предотвратить тогдашний начальник политотдела Балтийского флота В. М. Орлов (будущий начальник Морских сил РККА в 1931–1937 годах), но он прибыл в Кронштадт уже после приведения приговора в исполнение. В. М. Орлов, якобы «едва сдерживая ярость, заявил председателю трибунала, что ему следует работать не в трибунале, а на скотобойне…».
Мятеж в кронштадтских фортах, который имел изначально все шансы на успех, потерпел полную неудачу. Почему? Прежде всего, восстание не было всеобщим. Восставшие в фортах были изолированы от других фортов. Они не смогли ни согласовать своих действий, ни наладить связь с англичанами. В то же время красное командование правильно оценило опасность, которая угрожала в случае захвата фортов противником, после чего предприняло масштабные и, самое главное, энергичные меры для ликвидации восстания. Уже в день начала восстания отряд кораблей Балтийского флота вышел в море для его подавления, а на следующий день были сформированы сухопутные отряды из краснофлотцев для штурма форта. Следует отметить и личную активность и инициативу И. В. Сталина, взявшего дело подавления мятежа в свои руки и блестяще с ним справившегося.
Что касается англичан, то они стремились уничтожить русские корабли, не делая большой разницы, на чью сторону они встанут: красных или белых. Вопреки ожиданиям мятежников белые тоже не оказали помощь форту. Белое командование проявило явное нежелание иметь своими союзниками революционных матросов. Офицеры еще очень хорошо помнили их кровавые самосуды, происходившие в феврале – марте 1917 года, и не слишком верили в реальность контрреволюционного восстания. Ну, а кроме всего этого, решающее слово сказали матросы мятежных фортов. По-настоящему драться со своими сотоварищами-краснофлотцами они не желали. Поэтому в лучшем случае (как на Красной Горке) они отказались вести огонь по Кронштадту, а затем покинули форт, оставив все в целости и исправности. А в худшем (на Обручеве) вообще посадили под арест заговорщиков, а сами митинговали, пока не капитулировали.
Только после подавления мятежей в фортах командование Петроградского оборонительного района наконец-то обратило на форты серьезное внимание. Гарнизоны фортов были усилены коммунистическим элементом. Поэтому в скором времени все три мятежных форта превратились в настоящие опорные пункты обороны побережья Финского залива, что сыграло свою роль при отражении осеннего наступления Северо-Западной армии на Петроград.
В целом мятеж трех фортов еще раз наглядно продемонстрировал весьма неоднозначное отношение матросской массы к большевикам. Матросы реально участвовали во всех трех мятежах, хотя и с разной активностью. Неожиданно антисоветски проявил себя и линкор «Андрей Первозванный», команда которого была на грани мятежа, а командир носовой башни главного калибра А. С. Соболев (старший брат впоследствии известного писателя-мариниста Леонида Соболева), не желая вести огонь по своим, застрелился прямо на боевом посту.
После мятежа чекисты сразу начали искать масштабный заговор в Кронштадте и «нашли» небольшую группу заговорщиков, в основном военспецов-артиллеристов, причём принимавших участие по эффективному руководству стрельбой по мятежному форту. Особенно настойчиво главой заговора чекисты стремились сделать начальника Кронштадтской артиллерии А. Будкевича. Но факты выводили их на писаря мобилизационной части, бывшего анархиствующего матроса-клешника с линкора «Андрей Первозванный» В. Я. Кулеша. Будучи вынужденными признать это и с трудом обозначив его крайне зыбкие связи с белыми, они в итоге сошлись, что это малозначащая фигура, что заговор имел характер «сороконожки» со множеством очагов. С тем, что сама по себе личность В. Я. Кулеша была малозначащей, согласиться можно, поскольку заговорщики вообще не играли решающей роли. Но в целом вывод о множестве очагов заговора привёл к широкой волне репрессий. При этом надо иметь в виду, что питательной средой репрессивных действий чекистов были настроения среди «революционно-зелёных» обывателей в Кронштадте и других местах, которые до мятежа из-за трудностей Гражданской войны склонны были винить большевистские власти в «предательстве революции», но, не осознавая, что на основе подобных настроений в значительной степени и вырос мятеж, теперь склонны были объяснять его исключительно «предательством» бывшего офицерства, заявляя, что «оно всё таково по своей сущности».