Но во время Гражданской войны матросские мятежи происходи не только на Балтике и Каспии. Не отставал от своих балтийских и каспийских товарищей и Черноморский флот. При этом обработке деятелей анархистов подвергался не только Севастополь, но и все причерноморские города, где находились флотские части. Анархизм на юге России был популярен еще в годы первой революции 1905–1907 годов. Затем движение тихо тлело, подпитываясь уголовными элементами и изгоями всех революционных партий от большевиков до эсеров. Из бывших «махаевцев» и «безмотивников» формировались банды экспроприаторов, грабивших банки, казначейства и страховые конторы. После Февральской революции 1917 года популярность анархических идей резко возросла, причем не только в Петрограде и Москве, но и в провинции, особенно на юге страны. Южной «столицей» анархизма стала Одесса, а находящийся неподалеку Николаев приобрел в прессе метафору «южный Кронштадт». Севастополь также был серьезно окучен анархистами, но Николаев окучивали более профессионально подготовленные одесские последователи учения М. А. Бакунина. Разумеется, самыми благодарными слушателями анархистских агитаторов в Николаеве стали матросы. В городе тогда располагались мощные кораблестроительные заводы, а также флотский полуэкипаж, из состава которого комплектовались команды строящихся кораблей. В этот же полуэкипаж с этих же кораблей списывались неблагонадежные и недисциплинированные матросы. Таким образом, Николаевский полуэкипаж являлся воинской частью со сменным контингентом, что облегчало там работу, а также делало ее весьма перспективной, так как распределяясь из полуэкипажа по разным кораблям, обработанные матросы, быстро разносили идеи анархии по всему Черноморскому флоту.
Еще в 1916 году в полуэкипаже побывали эмиссары от видных деятелей анархо-синдикализма Л. Черного (П. Д. Турчанинова) и П. Аршавина, щедро снабдившие матросов брошюрами Кропоткина, Затонского, Бакунина и Верейки. Бурные события, потрясшие Севастополь, Одессу и ряд других причерноморских городов в конце 1917 – начале 1918 года, до поры до времени обходили Николаев стороной. После октябрьских событий 1917 года часть матросов ушла в различные матросские отряды в Одессу и в Севастополь, а оставшиеся продолжали охранять недостроенные корабли и другие флотские объекты.
Весной 1919 начался мятеж атамана Н. А. Григорьева. Началу мятежа и его первоначальному успеху во многом способствовало введение на Украине 1 апреля 1919 года продовольственной разверстки. Мятеж начался с того, что 1 мая 1919 года красноармейцы 6-й советской дивизии, которой командовал Григорьев, неожиданно обстреляли Елизаветград из орудий бронепоезда, укомплектованного матросами-анархистами. Через день в городе начался первый еврейский погром.
10 мая Григорьев начинает наступление на части Красной армии. Посадив большую часть своих войск в эшелоны, Григорьев двинул их на Полтаву, Киев и Екатеринослав. Через небольшой промежуток времени повстанцы наводнили огромный регион от Днестра до Днепра и от Черного моря до окрестностей Киева. Попытки организовать оборону Екатеринослава успеха не имели. 12 мая в городе восстал Черноморский полк матроса-анархиста Орлова и конный отряд анархиста Максюты. Восставшие матросы отдали Екатеринослав во власть Григорьева, разгромили тюрьму и ЧК, назначили своего коменданта города. Матрос Орлов стал правителем Екатеринослава.
На сторону Н. А. Григорьева перешла и матросская команда бронепоезда «Черноморец», а также 2-й полк Таращанской дивизии, в котором было много матросов – левых эсеров и анархистов, входивших ранее в матросский отряд ВЧК Д. И. Попова, участвовавших в июле 1918 года в левоэсеровском мятеже в Москве, а затем бежавших на Украину к левому эсеру Н. А. Щорсу.
Любопытно, что матросу-анархисту А. Г. Железнякову пришлось в течение нескольких суток уговаривать команду своего бронепоезда, состоявшую из матросов-анархистов, не примыкать к григорьевскому мятежу. Большинство матросов на тот момент было настроено враждебно к советской власти и сочувствовало мятежному атаману и его лозунгам. В конце концов, авторитет и красноречие Железнякова сделали свое дело, бронепоезд не только не примкнул к мятежу, но, наоборот, выступил против мятежников.
Тем временем 16 мая против советской власти восстали матросы Очакова. Тогда же в Херсоне власть захватил переизбранный исполком Советов во главе с левыми эсерами, который присоединился к восстанию. На протяжении двух недель Херсон был «независимой советской республикой» разумеется, без участия матросов не обошлось и в Херсоне.