А в конце мая неожиданно для многих начался мятеж Николаевского флотского полуэкипажа. Что касается Николаева, то там начиная с октября 1917 года власть менялась неоднократно. Уже в октябре 1917 года в городе установлена власть Советов рабочих и военных депутатов в лице Революционного комитета, но уже в марте 1918 года в город вступили немецкие части. В декабре немцы оставили Николаев и его заняли войска тогда еще «красного командира» Григорьева. В марте 1919 года в Николаев вошли греческие, французские и белогвардейские войска. Однако затем Николаев снова перешел под власть уже объявившего войну советской власти Григорьева. Однако вскоре Красная армия выбила Григорьева из города. И вот теперь против советской власти в Николаеве выступили революционные матросы местного полуэкипажа.
Мобилизация матросов в Николаевский полуэкипаж началась в начале 1919 года в Харькове, затем в освобожденном Екатеринославе и, наконец, в самом Николаеве. На момент начала выступления полуэкипажа в нем насчитывалось около 1500 человек. Именно он являлся главной вооруженной силой пятитысячного гарнизона. Это не учитывали советские власти Николаева, преуменьшая в официальных донесениях численность полуэкипажа как минимум вдвое. С какой целью это делалось, непонятно.
8 мая 1919 года командующий 6-й Украинской стрелковой дивизией Н.А Григорьев поднял антисоветский мятеж.
Екатеринослав был занят 11–12 мая, причём было убито 150 русских и 100 евреев; на сторону восставших перешли Черноморский полк матроса Орлова, анархистский отряд А. Е. Максюты. Черноморского матроса А. Е. Максюту незадолго перед восстанием арестовали чекисты, но григорьевцы его освободили.
Часть советских войск на Украине поддержала Григорьева. Другие еще колебались и склонялись к тому, чтобы поддержать.
Одновременно в Николаеве началось матросское восстание. С получением известий о движении частей мятежного атамана Григорьева на Николаев там восстал местный флотский полуэкипаж, состоящий преимущественно из матросов-анархистов, которые сочувственно относились к Григорьеву.
Изначально выступление матросов полуэкипажа в Николаеве принципиально отличалось от григорьевского движения. В лозунгах полуэкипажа, поддержанных значительной частью населения и гарнизона города (действительная власть Советов, уничтожение комиссародержавия, пропорциональное представительство социалистических партий в Советах; уничтожение по всей Украине «кровожадной коммунистической чрезвычайки» и застенка, коренное изменение продовольственной политики, признание всех коммунистических партий), доминировал не григорьевский авантюризм, а демократизм и верность изначальным идеалам Октября. Как представляется, этот демократизм в значительной степени родился как «третье решение» в альтернативе, перед которой оказался полуэкипаж: встать ли на сторону Н. А. Григорьева, или принять скомпрометированную политику красного террора, к которой заметно подталкивали матросов местные советские власти. В конце концов, матросы полуэкипажа, как и в других районах, охваченных «григорьевщиной», закономерно раскололись между двумя противоборствующими сторонами.
При этом лозунги, провозглашенные николаевскими матросами, во многом предвосхитили лозунги будущего Кронштадтского восстания 1921 года. Матросов неожиданно поддержал и находившийся в городе «спартаковский батальон» интернационалистов, укомплектованный немцами, венграми и чехами. Всего в мятеже участвовало более пяти тысяч человек. При этом матросы вовсе не собирались поддерживать атамана Григорьева. План у них был иной – воспользовавшись схваткой большевиков с Григорьевым, отложиться от тех и других и создать в Николаеве собственную матросскую анархистскую республику. По одной из версий, непосредственным поводом к мятежу стало распоряжение о направлении николаевских матросов на фронт против Григорьева. Во главе мятежа встал анархист Проскуренко, имевший давние связи с профессиональными одесскими анархистами.
Уполномоченный советского правительства и председатель Николаевского Совета рабочих депутатов И. С. Скляр отказался прийти на встречу с восставшими, а городская милиция, со своей стороны, – принимать участие в подавлении матросского выступления. Довольно быстро и практически без потерь захватив город, повстанцы арестовали Скляра, разгромили отделение ЧК, арестовали руководителя городской ЧК Абашидзе и других большевистских деятелей, но чуть позднее освободили их.
Взяв в городе власть в свои руки, матросы предались коллективному пьянству. Воспользовавшись этим, в Николаев стали просачиваться григорьевцы и махновцы.