Непосредственно после мятежа Красной Горки 20 июня ВЦИК принял декрет, предоставлявший вновь ВЧК и ее местным органам широкие полномочия и «право непосредственной расправы (вплоть до расстрела)» в местностях, объявленных на военном положении. Результат деятельности чекистов в Кронштадте на середину июля обывателю (в лице Г. А. Князева) представлялся следующим образом: «Все произошедшее там после Красной Горки превзошло всё, что было до сих пор самое страшное. Там расстреляно и растерзано до 500 человек… В Москве и Петрограде массовые расстрелы». На самом деле историкам известна цифра 90 – расстрелянных по делу о мятеже на Красной Горке. Из Петрограда по результатам обысков было арестовано и выслано в глубь страны около 1000 человек. Но и эти цифры, и преувеличенные слухи о них сильным образом влияли на кровопролитие в Гражданской войне. В дальнейшем раскрывались и другие подпольные белогвардейские организации, которым удобно «привешивалась» и Красная Горка с военными моряками.
В июле произошло новое наступление белых на Петроград. В связи с ним имели место и новые волнения в частях Красной армии. На флоте они были заметны в форту Красноармейский (бывший форт Обручев). Под влиянием «призрака» Красной Горки прибывший туда 13 июля отряд во главе с кронштадтским комиссаром Н. М. Разиным расстрелял в форту каждого пятого (всего 55 человек), предложив остальным… записываться в партию большевиков (что, разумеется, многие тут же и сделали). Подобная непримиримость была следствием переживаемого в этот период пика Гражданской войны и соответствующего ему белого террора. Мятежники Красной Горки захватили и расстреляли около 300 коммунистов и чекистов. К тому же 18 июня английским торпедным катером безнаказанно был потоплен крейсер «Олег». Из его спасшейся в основном команды (погибло менее 10 человек) был организован отряд мстителей. При втором наступлении войск Н. Н. Юденича ночью 21 октября погибло сразу три эсминца. Причем спаслось всего несколько десятков человек. Однако реакция матросов на эту трагедию была в виде усиления ненависти к белым, а не в стремлении выявить внутренних врагов, хотя просчёты красного командования на флоте были налицо. Матросы тонули с возгласами: «Да здравствует революция!» На высокий моральный дух матросов влиял и достигнутый накануне перелом в отражении второго наступления Н. Н. Юденича, и осмысление опыта мятежа Красной Горки, показавшего, что антибольшевистские выступления в период обострения Гражданской войны прямо играют на руку белым, не оставляют «третьего пути» в революции.
Опыт Красной Горки учитывали и белые, но с крайне отрицательными для себя результатами. Н. Н. Юденич на этот раз уделил внимание настроениям матросов и обратился к ним с воззванием: «Матросы! Час падения Петрограда настал. Наши войска стоят на ближайших подступах к городу. Расплата за ваши кровавые подвиги, ужаснувшие весь мир, близится. Вы можете спасти свою жизнь только лишь переходом на нашу сторону…» Но ведущими мотивами у матросов в период Красной Горки и прежних «кровавых подвигов» были не низменные интересы, а высокие идеалы революции. Поэтому трудно было найти какие-либо другие слова, которые могли вызвать большую озлобленность матросов и решимость их выступить против белых, хотя бы уже из чувства раскаяния за прежние слабости.
Известный военно-морской историк М. А. Елизаров в своей докторской диссертации пишет: «На высокий боевой моральный дух матросов во второй половине 1919 г. оказала влияние и партийно-политическая работа, которая значительно усилилась в этот период. Причины выступлений моряков, связанные с «зелёными» взглядами личного состава, всё же не были проигнорированы полностью. Однако прежняя недооценка «левых» причин этих выступлений, стремление списать все неудачи на «правую» контрреволюцию вскоре стали снижать её эффективность. Она постепенно стала превращаться в надоевшую говорильню о «коварном лице» мирового империализма, о «мировой революции», которая не очень подтверждалась действительностью, в призывы к бдительности, которые на практике открывали дорогу «стукачеству», и т. п.» Надо было время, чтобы новые сильные провалы политики большевиков, в том числе и имевшая место спекуляция проявленным героизмом моряков, приведшая к напрасным жертвам, вновь родили стремление к оппозиционному матросскому выступлению. Только это новое стремление не могло уже осуществляться без учёта уроков Красной Горки, на путях союза с белыми, которые вели к отказу от самой основы матросской активности, от развития революции 1917 г., а было возможным только на основе подлинной демократии, рождённой революцией. В целом Красная Горка явилась неотъемлемой частью Кронштадта 1921 года».