Наконец он появился на соборе – в конце седьмого заседания, 22 ноября. Есть сведения, что вместе с ним пришли в качестве свидетелей четыре его друга. Это были священник и синкелл Нарсес, архимандрит Максим, дьякон Константин, апокрисиарий Евтихия, то есть его полномочный представитель при императорском дворе, и Елевзиний, тоже дьякон, из одного с Евтихием монастыря. Знаменитый настоятель появился там в сопровождении большого числа окружавших его солдат и монахов. Когда его спросили о его учении, он вначале отвечал уклончиво, но потом был наконец вынужден ясно выразить свою мысль. Его спросили: «Считаете ли вы, что наш Господь, родившийся от Девы, состоит из того же вещества, что и мы, и что после своего воплощения он состоит из двух природ?» На этот очень точный вопрос Евтихий ответил: «Я признаю, что до соединения человеческой природы с божественной это были две природы, но признаю лишь одну природу после их соединения». Его призвали отречься от его ошибок, но требование не имело успеха, и патриарх Флавиан от имени собора вынес приговор: «Евтихий, бывший священник и архимандрит, который противится нашим увещаниям, отказался исповедовать православное учение. Мы объявляем, что отныне ему запрещено любое священническое служение, исключаем его из нашего сообщества и отстраняем от управления его монастырем. Все, кто будет беседовать с ним, придет увидеться с ним или не будет избегать его общества, будут также отлучены от церкви». Это постановление подписали двадцать восемь епископов, а после них двадцать три константинопольских архимандрита поставили подписи под приговором своему заблудшему брату. Для Евтихия особенно болезненным ударом было то, что его осуждение поддержали эти настоятели. Позже, в Эфесе, он горько жаловался на давление, которое якобы было оказано на них всех, и на усердие (впрочем, вполне законное), которое проявил Флавиан, заставив епископов и монахов других областей Востока принять решение собора.
Патриарх написал папе Льву Великому о новой религиозной смуте, случившейся в Константинополе, и послал ему акты собора с просьбой утвердить обвинительный приговор создателю новой ереси. Евтихий тоже отправил римскому епископу письмо, в котором называл себя жертвой преследований и просил о защите. Затем, ободренный благосклонностью Феодосия Младшего и поддержкой евнуха Хризафия, он добился, чтобы по поводу актов собора, на котором он был снят с должности, провели расследование. Евтихий утверждал, что в акты были внесены изменения, но расследование этого не подтвердило, и предположение Евтихия лишь доказывает, что тому были знакомы те способы фальсификации, которыми византийские еретики обычно пользовались для оправдания своих нововведений. Во время этих событий (13 июня 449 года) папа направил Флавиану письмо, в котором полностью одобрил поведение патриарха. Это «догматическое письмо», шедевр богословской проницательности, стало знаменитым: в нем разъясняется католическое учение о двойной природе Христа.
Итак, этот вопрос был решен. Но пока он решался, на престоле александрийских патриархов Кирилла сменил Диоскор, который разделял взгляды Евтихия и имел большое влияние при дворе. Новый патриарх Александрийский добился от императора, чтобы тот созвал новый собор. Этот церковный съезд открылся в Эфесе 8 августа 449 года под председательством Диоскора, и история заклеймила его прозвищем «разбойничий». На нем были использованы все средства, способные принести победу учению Евтихия. Папским легатам не позволили быть председателями, главных представителей ортодоксальной партии отстранили от должностей, не позволив им не только выступить на соборе, но даже прийти туда. Евтихий, наоборот, получил полную свободу изложить свою точку зрения, и та была признана единственной истинно православной. Монахи его монастыря прислали на собор письмо, в котором заступались за своего архимандрита и хвалили его набожность и его учение, и жаловались на Флавиана, который под страхом отлучения запретил им любое общение с их настоятелем. «С этого времени и до вашего святого собора, – писали они, – мы связаны несправедливыми приговорами. Уже многие из наших братьев умерли в этом беззаконном отлучении. Святой алтарь, который он сам освятил за шесть месяцев до того, как его заманили в эту засаду, остается без святой литургии. И вот среди этого опустошения мы в слезах встретили святой день Рождества Господа и Спасителя Иисуса Христа. Для всех христиан это день радости, а мы провели его, проливая слезы. Вместо подготовительных молитв наши голоса произносили только причитания… Затем наступил спасительный день Страстей Господних, потом святая ночь и торжество Воскресения. Из каждого дома, с каждого общественного места раздались крики восторженной и вполне законной радости, а мы по-прежнему были скованы несправедливым приговором.