От своего имени или от имени императора он стал издавать каноны, постановления соборов, императорские законы, исторические труды, всевозможные полемические сочинения, чтобы установить главенство нового Рима над старым. Потом на съезде, который проходил под председательством Михаила Третьего летом 867 года и на котором места трех восточных патриархов занимали три выбранные Фотием монаха, патриарх объявил, что лишает Николая сана папы. Казалось, патриарх победил, но через два месяца, ночью 23 сентября 867 года, Михаил Третий неожиданно был убит. Через два дня, 25-го числа, новый император Василий Македонянин приказал Фотию покинуть Константинополь и удалиться в монастырь. На престол патриархов был торжественно возвращен Игнатий.
Изгнанный в город Скепе, один из самых красивых портов побережья Европы, находившийся на краю Босфора, Фотий мог бы, упражняясь в религиозных добродетелях, забыть свое прежнее величие. Там было несколько монастырей, которые могли бы напомнить ему о недавних падениях, похожих на его собственное. Один из них был основан его дядей, патриархом Тарасием, в том монастыре находилась и могила Тарасия. В другом благочестиво окончил свои дни святой константинопольский патриарх Никифор, отправленный в изгнание Львом Армянином.
Но монастырское уединение не уничтожило надежду Фотия вернуться и не угасило его честолюбия. В то время ему было пятьдесят лет, это возраст силы, и он рассчитывал, что в столице, привыкшей к многочисленным переворотам, для него еще наступят лучшие дни. Желая подготовить это будущее, которое он доверчиво и самоуверенно воображал себе, Фотий, имевший в изгнании достаточно свободного времени, написал множество писем, укрепляя ослабшее мужество своих друзей, поддерживая прежние связи и создавая новые, готовя необходимые средства и способы для достижения своей цели. В этой переписке видны самые разные чувства – то смирение, то гордость, то страстное желание мести, то мягкость и готовность простить, то гнев, то покорность судьбе; слова текут то как бешеный поток, то как мирный ручей. Последовательность мыслей и подбор слов – все отлажено умело и изобретательно, с твердым намерением произвести на читателя сильное и прочное впечатление. Даже противники Фотия признавали, что он обладал невероятной силой убеждения.
«Это было время писать (сегодня нужно молчать), – обращается он к монаху Арсению, – время, когда во всей империи был полный покой, когда добродетель, которую теперь осмеивают, была в чести и благочестие процветало. Истина (куда она теперь удалилась!) могла свободно звучать на общественных собраниях. Жизнь монахов, которые стараются подражать святым, тогда казалась завидной; священники и епископы выделялись блеском своих добродетелей больше, чем своими священными регалиями. Но теперь что я Вам напишу? Разве что жалобы, похожие на жалобы Иеремии, потому что наши нынешние несчастья не менее нестерпимы, чем его беды. Какие стоны были бы достаточны при таком потоке зла? Бедствия, которые обрушиваются на нас одно за другим, осушили источник наших слез. То, что священно, осквернено и растоптано, Святого Духа недостойным образом бесчестят нечестивые книги и еще более нечестивые сердца. Пустыни, горы, пещеры и самые дальние края мира с большим трудом защищают священников Господа и епископов, бежавших от суровых условий тюрьмы или далекого изгнания. Церковь Бога растерзана, верные ей рассеяны по миру, пасторы вынуждены скрываться; с одной стороны – страх перед Богом, с другой – страх перед людьми».
Он не перестает повторять, что его дело – дело Иисуса Христа, пишет, что с ним добродетель, истина и справедливость, а вдали от него теперь только нечестие и ложь. Что сказать? Молитв больше нет; больше нет ни добродетели, ни свободы, ни справедливости: беззаконие выросло непомерно, нарушены законы божеские и человеческие.