В беседе со Сталиным зашла речь и об Энвере-паше и о помощи, которую Турция надеется получить у Москвы. «Энвер-паша – наш друг, он пользуется уважением в мусульманском мире», – заявил Сталин. Но фактически большевики уже поставили на Энвере крест. В ноябре 1921 года Энвер был отправлен в Бухару, чтобы убедить басмачей сражаться против британского империализма. Тем самым Москва убила одним выстрелом двух зайцев: убрала Энвера из Батума, вблизи Анатолии, что должно было успокоить Кемаля, и использовала его авторитет в мусульманском мире, чтобы убедить сторонников эмира Бухары повернуть оружие против угнетающих мусульман британских колонизаторов.
Во время посещения Берлина в марте 1921 года в связи с убийством Талаата армянским террористом Энвер-паша собрал там конгресс Союза обществ исламской революции, второй конгресс он организовал в Батуме, откуда и отправился в ноябре в Ашхабад, где был встречен как «спаситель Турана и Ислама». Знакомство с местным руководством убедило его в слабости позиций большевиков в Бухарской Народной Советской Республике.
Вскоре после прибытия в Бухару Энвер с горсткой соратников отправился в горы, якобы на охоту, и присоединился к басмачам. По другой версии, он вел переговоры с басмачами и был захвачен ими в плен и лишь после этого решил присоединиться к ним. Не исключено, что его побудило к этому опасение, что большевики могут его убить, так как надобность в нем как в средстве воздействия на Кемаля уже отпала.
В марте 1922 года указом эмира Бухарского он был объявлен главнокомандующим мусульманскими войсками и заместителем эмира, после чего заказал себе печать с титулом «Верховный главнокомандующий всеми войсками ислама, зять халифа и пророк Мухаммеда». В своём докладе в Москву заместитель генерального консула в Душанбе Насырбаев утверждал: «В настоящее время у Энвера 10 тыс. бойцов при 16 пулеметах. Энвер с каждым днем крепнет и необходимо как можно быстрее ликвидировать эту авантюру, ибо она в недалеком будущем может принять крайне серьезный характер». В связи с обострением обстановки в Бухаре и захватом армией Энвера Душанбе в Москве решились на жёсткие меры. Была вновь создана Бухарская группа войск в составе двух стрелковых полков, двух отдельных кавполков и кавалерийской бригады. В начале июня 1922 года она перешла в наступление и у Байсуна разгромила основные силы Энвера-паши. Сам Энвер, оказавшись на территории современного Таджикистана, укрылся в кишлаке Чаган, расположенном в 25 км северо-восточнее Бальджуана, где была мечеть. 4 августа 1922 года отряд красноармейцев устроил засаду в кишлаке по наводке выследившего Энвера чекиста-армянина Георгия Агабекова, позднее ставшего невозвращенцем. Когда утренняя молитва закончилась и из мечети стали выходить вооружённые джигиты, вместе с ними вышел и Энвер-паша в сопровождении курбашей – командиров басмачей. Красноармейцы открыли пулемётный огонь. Среди убитых местные жители опознали Энвера. Он был захоронен у подножия горы в специальной гробнице. В 1996 году в Таджикистане специальная экспедиция нашла могилу Энвера-паши, после чего его останки были отправлены в Турцию.
27 сентября 1921 года Зюбейде-ханым, остававшаяся в Стамбуле, поздравила сына письмом с присвоением ему маршальского звания и титула Гази (великого воина). За подвиги в сакарийской битве 129 её участников получили грамоты с благодарностью от Национального собрания, а 234 участника были награждены медалью Независимости.
Греки еще не были разбиты. Папулас передвинул корпус B на юг и 29 сентября предпринял новое наступление на Афьон-Карахисар. Греки захватили город и продвинулись на 20 км на восток, но не смогли нанести фланговый удар по основным силам Кемаля. На зимние квартиры греки расположились по линии Изник – Эски – Афьон-Карахисар – Ушак. Их позиции глубоко вдавались в расположение турецких войск. Это создавало определенный риск для греков. Правда, греческое командование рассчитывало еще перейти с образовавшегося выступа в новое наступление на Анкару, но моральный дух греков был уже не тот. Греческое командование еще не верило, что оно потерпело поражение и что побед больше не будет. Неудачу под Анкарой списали на недостаток снабжения и нехватку резервов. Уроков из поражения греки не извлекли. Турки же отныне безоговорочно поверили в счастливую звезду Кемаля.