В ходе Первой мировой войны в результате длительного и сложного процесса поглощения одних подразделений другими, перераспределения задач между прежними структурами и создания новых внутренняя организация МИ-5 несколько раз изменялась. К осени 1918 года контрразведка состояла из шести секций (здесь и в дальнейшем для их обозначения применяются латинские буквы):
— “А” — фильтрация беженцев из союзных стран и вопросы разрешения их возврата к местам прежнего жительства, а также контроль за иностранными гражданами, занятыми в военном производстве и вспомогательных военных учреждениях Великобритании. Секция возникла в 1917 году, ее основной задачей являлось предотвращение проникновения германской агентуры в тылы наступающих на континенте войск;
— “D” — контрразведка на заморских территориях империи, в том числе противодействие немецкому шпионажу в Ирландии, на Востоке и Ближнем Востоке. Этой же секции подчинялось Восточно-Средиземноморское Особое разведывательное бюро в Каире. Создана в 1916 году;
— “Е” — контроль за портами и границей. С 1915 года сотрудники секции контролировали въезд на Британские острова морским путем, обращая при этом особенное внимание на членов экипажей союзных судов. Она же надзирала за выездом из страны и составляла “черные списки” нежелательных и подозрительных лиц. Являлась самой многочисленной секцией, в 1918 году в ней работали 300 человек из 844 человек общего штатного состава МИ-5.
— “Б” — превентивная. Осуществление превентивных мер по недопущению утечек секретной информации, оформление допусков к ней и ведение собственной картотеки потенциально опасных для национальной безопасности лиц, в которой периодически насчитывалось до 32 тысяч досье;
— “G” — расследования. Оперативное контрразведывательное подразделение, сотрудники которого отследили и до начала войны арестовали 36 германских агентов, в том числе нелегалов, заброшенных на длительное оседание. 4 августа 1914 года аресту подверглись еще свыше 30 агентов, 11 из которых были казнены;
— “Н” — административная, секретариата и оперативного учета. Ведала секретариатом и административными службами, кадрами и общей картотекой.
Секция “В” (надзор за индийскими и восточными народами) выделилась из секции “G” 15 января 1917 года и 1 сентября того же года была поглощена секцией “D”. В 1920 году организационная структура МИ-5 подверглась дальнейшим изменениям. 1 сентября секция “Б” поглотила секцию “А”, а 31 марта ряд секций был переименован: “Б” стала “A”, “G” — “В”, а “Н” — “D”, впоследствии “О”. В ноябре 1918 года из 844 сотрудников МИ-5 в центральном аппарате работали 84 офицера и гражданских чиновника, 306 делопроизводителей, 23 полицейских и 77 вспомогательных работников[20]. Штат контрразведки в портах Великобритании и миссиях в союзных странах составлял 354 человека, в том числе 49 офицеров, 41 делопроизводителя, 255 полицейских и 9 вспомогательных работников.
В 1916 году контрразведывательные органы были включены в воссозданный Директорат военной разведки и до 15 октября 1931 года пребывали в составе военного министерства. Блава МИ-5 с 1918 года официально именовался генеральным директором Имперской разведывательной Службы безопасности, в обиходе же использовалось сокращение “К”, унаследованное и преемниками Келла. Первый директор контрразведки прекрасно научился создавать “разумный шум” вокруг деятельности своей юридически несуществующей службы и умело пугал общество угрозой иностранного шпионажа ради упрочения своих позиций и получения дополнительных бюджетных ассигнований. До 1918 года обыгрывалась тема вездесущей германской разведки, а в следующем десятилетии эту роль целиком отвели советскому и коминтерновскому шпионажу, хотя в течение первых трех лет после демонстративной смены приоритетов это являлось чистейшим вымыслом.