Недовольство буржуазии и нового дворянства умеренным характером английской Реформации нашло выражение в распространении пуританизма – своеобразной формы кальвинизма в Англии XVII–XVII вв. В 50–60-е гг. XVI в. пуритане (лат. «purus» – «чистый») открыто выступали против государственной епископальной церкви, противопоставляя ей демократическое устройство церкви, управляемой выборным духовенством. Пуритане отвергали учение о «благодати», требовали изгнания «идолослужения», т. е. пышных обрядов, поклонения иконам, отвергали алтари, пышные церковные облачения и предметы утвари, решительно осуждали роскошь, праздность, развлечения, ратовали за бережливость, умеренность, предприимчивость в делах. Идеи пуритан выражали настроения наиболее активной части английской буржуазии и нового дворянства, формируя этику эпохи раннего капитализма. Сама манера одеваться отличала пуритан: простой черный костюм с белым воротником и волосы, остриженные в кружок, они противопоставляли ярким, расшитым золотом нарядам придворных щеголей, осуждая в том числе их пышные, завитые парики «локоны». Восшествие на трон Елизаветы I внушало пуританам надежду на дальнейшие реформационные преобразования и способствовало отказу от недавних радикальных требований и тираноборческих настроений. Однако церковная политика Елизаветы не оправдала этих надежд. На пуритан обрушились репрессии, но преследования не смогли остановить распространение кальвинистских идей. Пуританское движение в Англии приобретало все более активный характер.
Воцарение королевы-протестантки, восстановление англиканства и королевской супрематии заставили сплотиться европейскую и внутреннюю католическую реакцию. В 1570 г. папа Пий V издал буллу об отрешении Елизаветы от власти как незаконной королевы и отлучении ее от церкви как еретички, об освобождении ее подданных от присяги верности и запрещении повиноваться ей. Тем самым папа санкционировал многочисленные заговоры и покушения на Елизавету I, во главе которых стояли некоторые представители высшей английской аристократии, как например герцог Томас Норфолк.
Католические державы, в первую очередь Испания, и папство использовали в борьбе с Елизаветой шотландскую королеву-католичку Марию Стюарт, заявившую о своих правах на английский престол так как она была правнучкой Генриха VII. Мария Стюарт (1542–1587), дочь шотландского короля Якова V и герцогини Марии де Гиз, долгое время воспитывалась во Франции, готовясь стать супругой дофина. Француженка по крови и воспитанию, она оказалась чужой в Шотландии, куда вернулась в 1561 г. после скоропостижной смерти своего слабого здоровьем мужа Франциска II. Несмотря на блестящее образование, живой ум и склонность к политическим интригам, Мария Стюарт не смогла утвердиться на шотландском престоле. Ее второй брак с лордом Дарнлеем, ее родственником по линии Стюартов и Тюдоров одновременно, не способствовал этому. Мятежи знати и победа в Шотландии кальвинистской Реформации вынудила ее в 1568 г. бежать из страны. Мария оказалась в руках английской королевы, которая содержала ее в заключении почти 19 лет, перевозя из одного замка в другой. Английские и шотландские католики подготовили множество заговоров с целью освобождения Марии Стюарт и возведения ее на английский престол. Елизавета I после долгих колебаний решилась на казнь Марии Стюарт, ставшей серьезной угрозой ее власти. Шотландская королева была обезглавлена по обвинению в организации так называемого «заговора Бабингтона», и тем самым в Англии был создан прецедент судебного преследования и осуждения коронованной особы.
Папа Сикст V особой буллой призвал католиков к крестовому походу, к священной войне с Англией и ее «королевой-еретичкой». Испания стала готовить вторжение, Филипп II, которому Мария Стюарт завещала свои права на английский престол, снарядил для этого большой флот – «Непобедимую армаду», – основу которого составили 130 тяжелых кораблей, имевшие на борту 19 тыс. отборных солдат и более 2 тыс. орудий. Армада должна была пройти в Дюнкерк, взять там на борт испанские войска, находившиеся в Нидерландах, и затем высадить десант в устье Темзы, недалеко от Лондона. Испанцы рассчитывали, что их вторжение будет поддержано восстанием английских католиков.
В Англии война с Испанией воспринималась как борьба за национальную самостоятельность страны. Была создана 34-тысячная армия для отпора испанскому десанту и защиты Лондона. Флот, насчитывавший около 200 боевых и транспортных кораблей пополнился купеческими и пиратскими судами. Им командовал лорд-адмирал королевства Чарльз Говард, граф Ноттингем, родственник королевы Елизаветы.