В своих воспоминаниях Гровс подробно отвечает на этот вопрос, начиная с того, что никто из тех, с кем он обсуждал назначение Оппенгеймера, «не проявил большого энтузиазма» по поводу его кандидатуры. Прежде всего, у Оппенгеймера практически не имелось административного опыта. Да, он был создателем научной школы в Беркли, но никогда не руководил лабораторией, не заведовал кафедрой и не занимал должность декана. Сотрудники Оппенгеймера, по сути, были его младшими коллегами по научной работе, не более того. Статус тоже вызывал нарекания. Ну как же человек, не имеющий Нобелевской премии, может руководить командой нобелевских лауреатов? Престижу Гровс придавал большое значение, поскольку в научном мире, не имеющем воинских званий, иерархия выстраивается в первую очередь по престижу. Сильно настораживало досье Оппенгеймера, в котором, по словам Гровса, «было много такого, что нам совершенно не нравилось». Но, тем не менее, Оппенгеймер в конце концов был назначен научным руководителем проекта, поскольку Гровсу стало ясно, что никого лучше он не найдет.
Незадолго до отъезда из Беркли Оппенгеймера пыталась завербовать советская разведка. Сотрудники советского консульства в Сан-Франциско вышли на жившего в Беркли британского химика-коммуниста Джорджа Элтентона, а тот, в свою очередь, переговорил с профессором французской литературы Калифорнийского университета Хааконом Шевалье, который дружил с Оппенгеймером. Шевалье сообщил Оппенгеймеру, что у Элтентона есть возможность передачи технической информации для советских ученых, но наш герой на заброшенную удочку не клюнул, и на том разговор закончился. Оцените, как мастерски было сделано предложение – через коллегу-профессора, часто бывавшего в доме Оппенгеймеров. Сторонние наблюдатели не могли заметить ничего подозрительного. Этот разговор «аукнулся» Шевалье в 1950 году, когда он был вынужден уйти из университета и эмигрировать во Францию, поскольку перспективы на получение работы в Соединенных Штатах были нулевыми.
Помощником Оппенгеймера был назначен Джон Генри Мэнли, физик-нейтронщик, работавший прежде в металлургической лаборатории Чикагского университета. Мэнли, экспериментатор с административным опытом, стал идеальным дополнением нашего героя. «Я позволил уговорить себя присоединиться к Оппенгеймеру, но при этом у меня были кое-какие опасения, – вспоминал Мэнли. – Я был знаком с ним шапочно. Год или два назад я вел коллоквиум в Беркли и был слегка напуган его отчетливо проявлявшейся эрудицией и отсутствием интереса к мирским делам». Тем не менее руководитель и его помощник прекрасно поладили. Науку Оппенгеймер оставил себе, а управление лабораторией поручил Мэнли. Но не стоит рассматривать Мэнли как чистого администратора. В Лос-Аламосе он активно занимался научной работой по своему профилю (быстрые нейтроны).
Чуть ли не каждый участник проекта в той или иной мере описывал структуру лаборатории. Вникать в детали нам нет необходимости, но общее представление иметь нужно. Она разделялась на четыре отдела: теоретический, экспериментальный, артиллерийский и отдел химии и металлургии. Все отделы, кроме небольшого теоретического, делились на группы. Каждый занимался своим делом, но при этом каждый был в курсе того, как продвигается проект. Под «каждым» подразумеваются ученые, а те люди, кто занимался обеспечением проекта на низовом уровне (например, изготавливал какие-то детали или наблюдал за показаниями приборов), чаще всего не имели представления, на кого работают. Военное ведомство старалось обеспечить максимальную секретность, несмотря на большое количество участников проекта. На пике деятельности к нему было привлечено более ста пятидесяти тысяч человек, бо`льшая часть которых работала в дополнительных лабораториях, находившихся в Ок-Ридже (штат Теннесси) и Хэнфорде (штат Вашингтон), а также в Чикаго. Армейская служба безопасности при участии Оппенгеймера даже разработала дезинформационную операцию. Распространялись слухи, что в Лос-Аламосе создают электрическую ракету.
Оппенгеймер собирался лично возглавить теоретический отдел, но коллеги отговорили его от этой идеи. И правильно сделали, ведь в таком случае внимание нашего героя, назначенного руководить всем проектом, замкнулось бы в границах отдела. Кроме того, одному человеку было бы очень сложно совмещать руководство проектом с руководством наиболее «интеллектоемким» отделом. В результате теоретический отдел возглавил Ханс Бете, ученик Зоммерфельда, которому в 1933 году пришлось эмигрировать из Германии, поскольку его мать была еврейкой. Все ключевые расчеты проекта и теоретические обоснования принимаемых решений – заслуга Бете, который оказался для Манхэттенского проекта таким же незаменимым приобретением, как Оппенгеймер и Гровс.