Возглавить «Этерию» сначала было предложено графу Иоанну Каподистрии уроженцу Корфу, обладавшему большим влиянием и престижем на службе у царя в Санкт-Петербурге. Именно он от имени царя подписал соглашение об английском протекторате над Ионическими островами. Когда Каподистрия отказался от предложения, руководство обществом было возложено на Александра Ипсиланти, грека-фанариота, из семьи которого происходили господари Молдавии и Валахии. Более того, он был личным адъютантом царя, служившим с честью и достоинством в русской армии. В 1820 году общество назначило его «генералом уполномоченным высшей власти».
Решив начать свое восстание на севере, Ипсиланти, скорее проявляя авантюризм, чем руководствуясь доводами рассудка, повел сборное войско через Прут — теперь бывший границей между Российской и Турецкой империями — в Молдавию и Валахию. Не скупившийся на громкие заявления и артистичный в выражениях чувств, он тем не менее не обладал практическим опытом и знанием людей. Ипсиланти искренне рассчитывал на дух единства между румынскими и греческими христианами, которого на самом деле не существовало. Приветливо встреченный господарем Молдавии, «уполномоченный высшей власти» практически не получил поддержки для дела эллинов в Валахии, где местный повстанец просветил его, сказав: «Греция принадлежит грекам, а Румыния — румынам». Царь отрекся от него и уволил из армии. Вселенский патриарх отлучил его от церкви. Турки направили к Бухаресту армию, которая смела его «святой батальон», а сам Ипсиланти укрылся на территории Австрии, где император заключил его в тюрьму. Таким, по иронии судьбы, был конец правления в дунайских княжествах греков-фанариотов, который стал рождением румынской независимости с правлением господарей, выбираемых из румынских бояр.
В это же время родилась и независимость Греции, достигнутая посредством серии скоординированных восстаний, охвативших значительную часть территории страны. Эти восстания были подняты при посредстве «Этерии» с направлением в Грецию фанариотов и других лидеров, включая брата Ипсиланти — Дмитрия, который должен был руководить восстанием в Пелопоннесе. Множество людей, вдохновленных идеей независимости, отправились туда по собственной воле, устанавливая контакты с руководителями повстанцев прямо на местах. Восстание началось с прокламации митрополита Патраса (Патр) 25 марта 1821 года.
Для восстания это время было удачным. Султан Махмуд, диван которого, казалось, ничего не ведал о возможности такого опасного поворота событий в Греции, выбрал этот момент, чтобы заняться окончательным подчинением своего номинального вассала в Эпире Али-паши, мятежного Льва из Янины. Али с помощью своей албанской армии настолько укрепил свою власть и расширил владения, что, в сущности, мог претендовать на роль независимого монарха, и, между прочим, был признан в качестве такового Наполеоном. В 1819 году он с триумфом овладел важным портом на Адриатике — Паргой. В следующем году Исмаил, тоже албанец и личный враг Али, сбежал от него под защиту Стамбула, где султан сделал его одним из своих камергеров. Али послал вдогонку двоих наемных убийц, которые были арестованы при попытке застрелить Исмаила. Это дало султану Махмуду давно ожидаемый повод раз и навсегда сокрушить своего врага. Султан официально объявил Али мятежником и человеком вне закона, пожаловал его пашалык Исмаилу, его несостоявшейся жертве, и под его командованием немедленно начал войну против Али. Поскольку Али, теперь уже «загнанный лев», упорно держался на протяжении почти двух лет, султан вызвал своего проверенного и беспощадного военачальника в Морее Киршид-пашу и его войско, чтобы завершить кампанию. Они в конце концов нанесли поражение и уничтожили старого мятежника, который укрылся в своей расположенной на озерном острове крепости. Его голова вместе с головами троих сыновей и внука была отправлена султану в Стамбул.
В результате крепости в Морее остались сравнительно незащищенными, и греческие повстанцы сумели внезапно атаковать и сломить сопротивление большинства оставшихся в них гарнизонов. Действуя согласованно с ними на море, греческие пираты с их смертоносными, маневренными брандерами обеспечили контроль над всеми ключевыми портами побережья. Это ограничило возможности снабжения и переброски турецких подкреплений, оставив для них только наземные коммуникации, пролегавшие по гористой, удерживаемой партизанами местности. Из островов повстанцы удерживали Спеце, расположившись на котором богатая вдова-гречанка организовала блокаду залива Нафплиона лично и за свой собственный счет, а также Псару и, со временем, Гидру, благодаря капитану судна, который поднял людей против их собственных греческих примасов.