Сын Мехмеда, Ибрагим-паша, был в результате направлен из Александрии во главе флота, сильнейшего из всех доселе спущенных на воду неевропейской державой в Средиземноморье. Он прошел мимо Крита к укрепленному порту Модон, что на самой западной оконечности Мореи. Здесь Ибрагим разместил свою штаб-квартиру, тем самым положив начало второму этапу греческой войны за независимость. Три года его отлично вымуштрованные войска господствовали на Пелопоннесе. Отвоевывая для турок то, что те уступили грекам, они сеяли страх и опустошение и в итоге восстановили турецкий контроль над большей частью страны. Это подтолкнуло греков к некоторому единству. Колокотронис был освобожден и восстановлен в звании главнокомандующего вооруженными силами в Морее, где он потерпел одно за другим два серьезных поражения от Ибрагима.
Затем, в 1826 году, Ибрагим перебросил свои войска в континентальную Грецию, чтобы поддержать турецкого военачальника Решид-пашу в осаде Месолонгиона. Здесь его военно-морские силы полностью изменили ситуацию, не допустив входа в гавань греческого флота, спешившего на помощь городу, заставив греческий гарнизон вместе с большим количеством гражданского населения сопротивляться с отчаянием обреченных. Тем не менее греки потерпели неудачу.
Падение Месолонгиона привело к падению правительства Кондуриотиса и к последующему периоду внутренней вражды между двумя соперничающими ассамблеями и президентами. До этого, однако, Кондуриотис официально пригласил двух способных британских офицеров — сэра Ричарда Черча, ирландца по происхождению, и лорда Кохрейна, шотландца, командовать соответственно греческой армией и флотом. В качестве условий своей службы они настаивали на примирении между двумя соперничающими фракциями. В итоге новое заседание Национального собрания, имея новую конституцию, избрало на должность президента Каподистрию, человека властного и сильного духом. Тем временем Решид-паша начал длительную осаду Афин, Акрополь которых, после неудачной попытки лорда Кохрейна освободить его, в июне 1827 года попал в руки турок. Это событие, завершившее покорение континентальной Греции, казалось, говорило об окончании войны за независимость.
Но это был не конец. Настало время, после шести лет кровопролития, для вмешательства европейских держав. Среди них русские оказались самыми активными в своем давлении на турок. Австрийцы, такие же империалисты при Меттернихе, отдавали предпочтение подавлению восстания. Британцы и французы опасались последствий новой Русско-турецкой войны. При этом Франция начиная с 1824 года имела либерального суверена в лице Карла X. Военно-морские силы Франции и Великобритании в Средиземном море видели в греках гарантию против пиратства.
Правый консерватизм тори в Англии уступил место более либеральной политике с падением лорда Каслри и заменой его на этом посту либерально настроенным Джорджем Каннингом, родственник которого, эллинофил Стрэтфорд Каннинг был назначен послом в Порте. Сознание англичан было возмущено рассказами о зверствах Ибрагим-паши, пользовавшегося дурной славой человека, который порабощал греков, имея в виду заселить Пелопоннес египтянами. Общественное мнение было больше всего взбудоражено героической жертвой лорда Байрона.
Первой задачей европейских держав было определение будущих границ и статуса Греции. Предварительное решение было достигнуто весной 1826 года с подписанием в Санкт-Петербурге протокола между Британией и Россией, призванного положить конец кровопролитию и обеспечить примирение турок и греков. Стороны согласились с принципом обретения Грецией не независимости, а, взамен выплаты султану ежегодной дани, права автономного ведения своих внутренних дел.
Осенью того же года греки обратились с просьбой включить Францию в число стран, подписавших договор. По инициативе Каннинга, который вскоре после этого скончался, такой договор был подписан в Лондоне в июле 1827 года, месяц спустя после падения Афин. Опираясь на договор, три державы предложили Турции посредничество. В случае отказа Порты от этих услуг они оставляли за собой право установить с греками дипломатические отношения, включая обмен консулами и признание мятежных провинций в качестве независимого государства. Это было принято греками, но безоговорочно отвергнуто султаном. Категорически не желавший мириться с реальностью, Махмуд отверг это предложение, как вопиющее нарушение иностранцами его всеобъемлющих законных прав суверена. Отказываться от этих прав или менять их он не был согласен ни при каких условиях.
Договор предусматривал перемирие, которое должно было быть гарантировано объединенным флотом, «не принимающим, однако, никакого участия в боевых действиях». Русские послали на Средиземное море флот, где совещались адмиралы трех держав, сбитые с толку как неясностью полученных инструкций, так и трудностью установления контактов с Ибрагимом, который, ссылаясь на продолжающуюся агрессию со стороны греков, отказывался от перемирия без приказания султана.