После капитуляции Румынии и предательства Болгарии в Восточном фронте образовалась брешь шириной до 700 км от венгерской границы до Эгейского моря. Немецкое командование на Юго-Восточном театре должно было организовать на этом участке хоть какую-то оборону. На тот момент наиболее опасное положение сложилось на юге, где, в случае если группе армий «Е» удастся вывести свои войска с территории Греции, было необходимо создать фронт восточнее рубежа Салоники – Скопье – Ниш. 9 сентября М. Вейхс перенес разграничительную линию группы армий «Е» к району севернее Клисуры и добавил в зону ответственности группы армий территорию Албании. В результате генералу Лееру достался наиболее уязвимый узкий маршрут отступления. Часть войск группы армий «Е» уже находилась в Македонии. Другие продолжали прибывать в Салоники с островов. К середине месяца группе армий удалось перекрыть перевалы на довоенной границе с Болгарией и обустроить оборонительный рубеж по реке Стримон. Озабоченность вызывала нехватка транспорта, а также необходимость полностью укомплектовывать подразделения, прибывавшие с островов.
В зоне ответственности группы армий «Е», в районе между Клисурой и перевалом Железные Ворота, передовые части советской 6-й гвардейской танковой армии вышли 5 сентября к Турну-Северину. В то же время отправленная на восток для обороны прохода Железные Ворота немецкая моторизованная бригада из-за разрушенных в результате воздушных ударов мостов была задержана в районе Белграда. После того как 6 сентября русская 6-я танковая армия повернула на север, командующий немецкими войсками на Юго-Восточном театре организовал слабый фронт, который проходил через югославскую границу и пересекал реку Дунай западнее Железных Ворот. В середине месяца М. Вейхс направил часть сил дивизии и два батальона полиции в зону ответственности группы армий «Южная Украина» с задачей попытаться занять и удерживать Тимишоару, южный проход на равнинную местность в Венгрию и Банат. Немецкая 2-я танковая армия получила задачу на какое-то время оставаться на прежних позициях и обеспечивать оборону Хорватии в том случае, если Венгрия (и Хорватия по ее примеру) попытается капитулировать.
То, что группа армий «Е» не может больше оставаться на территории Греции и что задача своевременного вывода оттуда войск становится все более сложной, а может быть, и невыполнимой, понимали на всех уровнях командования германскими вооруженными силами. Но М. Вейхс не позволял себе действовать в спешке, что, по-видимому, устраивало Гитлера и ОКВ. 10 сентября он заявил, что все еще не готов принять решение. Он сообщил Лееру, что решение будет зависеть от развития событий в Македонии, и командование войсками на театре должно будет отдать приказ, когда наступит подходящий момент.
В то же время, к немалому удивлению немцев, их войска покидали острова по воздуху, иногда морем, и никто не пытался им помешать. Как выразился М. Вейхс, ему казалось, что союзники дали его солдатам «зеленый свет». И его, и остальных представителей немецкого командования, и в особенности Гитлера, поражало то, что англичане и американцы, уничтожая маршруты отступления немецких войск из Греции, в то же время позволяют немецким солдатам беспрепятственно покидать острова.
1 сентября военно-воздушные силы союзников на Балканах начали операцию Ratweek. Ее целью было отрезать пути отступления немцев из Греции и Югославии, а также помочь повстанцам Тито прорваться на восток, в Сербию, навстречу советским войскам, наступающим с территории Румынии. В результате мощных авиаударов 3 сентября были парализованы все транспортные артерии, ведущие через Ниш, и практически выведены из строя все мосты через реки Дунай и Сава в районе Белграда. Эти удары, а также атаки на шоссейные и железные дороги, возможно, не настолько помогли партизанам, как ожидалось. Однако до того, как немцам удалось устранить повреждения, они расстроили переброски немецких войск в Восточной Югославии. В ряде случаев это привело к фатальным последствиям, как, например, с переброской моторизованной бригады в район прохода Железные Ворота. Кроме того, было парализовано все транспортное сообщение, за исключением полетов авиации, с Грецией.
Необъяснимая, по мнению представителей Германии, тактика союзников заставила Гитлера и его окружение в ОКВ поверить в то, что англичане хотели бы, чтобы немецкие войска были выведены с островов, но оставались в Греции как политический фактор в качестве противовеса русским. 15 сентября Гитлер утвердил приказ о полной эвакуации войск с островов и одновременно отдал указание М. Вейхсу «использовать в своих интересах сложившуюся в отношениях между Советским Союзом и союзниками ситуацию в связи с явно пассивной позицией последних в отношении вывода германских войск».