После капитуляции Италии полномочия германской администрации на Балканах значительно расширились. Нехватку в войсках удалось ликвидировать лишь частично, в основном за счет формирований коллаборационистов. Некомплект в командных кадрах ликвидировался более щедро. Гитлер назначил главнокомандующим на Юго-Восточном театре (Oberbefehlshaber Suedost) фельдмаршала М. Вейхса. Одновременно фюрер сделал его собственным подчиненным, назначив на должность командующего группой армий «Ф». В качестве первого М. Вейхс являлся главным военным начальником на театре; в качестве второго он осуществлял оперативное руководство войсками в Югославии и Албании. Для того чтобы была обеспечена оборона Адриатического побережья, М. Вейхсу было передано управление 2-й танковой армией. Оперативное управление в Греции и на островах перешло к командующему войсками группы армий «Е» генерал-полковнику Александру Леру. На ступень ниже командования войсками на театре стояло организованное ОКВ Военное командование на Юго-Востоке, которому подчинялись территориальные военные формирования и которое отвечало за взаимодействие с марионеточными режимами в регионе.
Командование на Юго-Восточном театре выполняло две основные военные задачи: оборона побережья Балканского полуострова и борьба с повстанческими формированиями на его территории. Из-за гористой местности, а также в связи с тем, что Германия не могла себе позволить держать на второстепенном участке достаточное количество подвижных сил, оборона побережья была статичной. М. Вейхс был вынужден расположить свои силы равномерно, тонкой линией, на обширной территории. Некоторые наиболее боеготовые части находились на Крите и на островах Эгейского моря. К весне 1944 г. они оказались абсолютно изолированными; сообщение с ними поддерживалось с помощью авиации и небольших судов. Войск для проведения эффективных антипартизанских операций было недостаточно. С другой стороны, немцам удавалось использовать в своих интересах вражду между различными повстанческими движениями. Первое повстанческое движение на Балканах было организовано еще до кампании 1941 г. полковником Д. Михайловичем. Повстанцы называли себя четниками и прекратили борьбу после оккупации Югославии. Но после того, как в стране активизировались партизаны под командованием Иосипа Броз Тито, четники стали действовать в основном против партизан. Занимавший до мая 1944 г. пост военного министра правительства Югославии в изгнании Д. Михайлович думал только о том, как обеспечить после войны восстановление монархии и доминирование в Югославии Сербии.
Партизаны Тито были самой многочисленной и эффективной повстанческой силой на Балканах.
Их силы еще более выросли после того, как им удалось завладеть рядом складов с оружием (в том числе танками и артиллерией), оставленными итальянцами. Кроме того, после конференции, прошедшей 28 ноября – 1 декабря 1943 г. в Тегеране, партизаны получили статус национально-освободительных сил, и им стала оказываться всесторонняя поддержка со стороны западных союзников и Советского Союза. И все же до осени 1944 г. немцам при поддержке четников и других националистов (прежде всего усташей) удавалось держать отряды Тито блокированными в горных районах в западной части Югославии, относившихся к итальянской зоне оккупации, где партизаны и прежде имели свои многочисленные опорные пункты.
В Греции партизанское движение, как коммунистического, так и националистического толка, развивалось медленнее и не шло ни в какое сравнение с борьбой югославских партизан. Несмотря на все усилия англичан объединить партизан в борьбе против немецких войск, они воевали в основном друг против друга. Когда коммунисты начали одерживать верх над националистами, последние договорились с немцами о перемирии, которое соблюдали до августа 1944 г.
Согласно немецкой стратегии, Юго-Восточный театр должен был в первую очередь создавать угрозу британским линиям коммуникаций в Восточном Средиземноморье. Кроме того, он должен был представлять собой противовес активности союзников в нейтральной Турции. К середине 1944 г. немцы уже не могли решать здесь ни одну из этих задач. С военной точки зрения, в том, что касалось активных боевых действий, театр стал, скорее, представлять собой обузу. Однако вывод войск из этого региона давал бы союзникам возможность создания новых плацдармов на Европейском континенте. Кроме того, после этого Турция, возможно, решила бы отказаться от нейтралитета. И наконец, это усилило бы и без того мрачные настроения, царившие в правительствах союзников Германии, таких как Болгария, Румыния и Венгрия.