«
Двадцать восьмого июня был дан указ Правительствующему сенату об учреждении, на основании статьи 1062-й Устава уголовного судопроизводства, Верховного уголовного суда под председательством князя П. П. Гагарина. Членами суда стали принц П. Г. Ольденбургский, действительные тайные советники В. Н. Панин, А. Д. Бушницкий и М. М. Корниолин-Пинский и адмирал Н. Ф. Метлин. Обязанности прокурора исполнял генерал-прокурор Д. Н. Замятнин. Секретарем был назначен Я. Г. Есипович.
Заседания суда по требованию императора проходили в Петропавловской крепости, в квартире коменданта, там же, где судили ранее петрашевцев.
Председательствующий на суде князь Гагарин внес предложение о том, чтобы дело самого Каракозова и ближайших его «сообщников» суд начал рассматривать в первую очередь, не ожидая окончания следствия по всему делу. К этому времени Замятнин сумел представить обвинительные акты только в отношении 11 человек. Следствие против остальных соучастников (24 человека) еще продолжалось. Со своей стороны, Муравьёв категорически возражал против этого, считая, что надо, не мешкая, судить всех одновременно. Его позицию разделял и Александр II. Однако Гагарин проявил твердость, прямо заявив Муравьёву, что он не считает возможным беспокоить императора по вопросам, которые относятся исключительно к компетенции Верховного уголовного суда.
Десятого августа 1866 года состоялось первое распорядительное заседание суда, на котором решено было слушать дело при закрытых для публики дверях. После этого каждому из 11 подсудимых были вручены обвинительные акты, подписанные Д. Н. Замятниным.
В обвинительном акте в отношении Каракозова отмечалось, что он при образовании общества «Организация» вступил в число ее членов, а когда в среде этого общества составился особый кружок под названием «Ад», Каракозов стал и его членом. Он постоянно поддерживал в своих товарищах мысль о необходимости цареубийства и сам вызывался совершить это преступление. В середине Великого поста 1866 года Каракозов приехал в Петербург, где вел бродяжническую жизнь под именем московского мещанина Дмитрия Алексеевича Владимирова. Для сближения с рабочими и привлечения их к участию в задуманном им перевороте он разбрасывал прокламации. Двое из членов общества «Ад», Ермолов и Странден, узнав, что Каракозов в Петербурге, отправились туда за ним, опасаясь со стороны его какой-либо решительной меры. Отыскав Каракозова, они узнали о намерении его совершить цареубийство и взяли с него обещание, что он этого не сделает. На Страстной неделе Каракозов возвратился в Москву, где в понедельник, на Святой неделе, участвовал на сходке общества «Организация», а в среду вечером прибыл в Петербург. В субботу ходил в оружейный магазин Вишневского за пистолетом и пулями, но пистолета у него не купил, а купил на рынке. К этому пистолету подобрал пули у Вишневского, потом ходил за порохом в лабораторию на Выборгскую сторону и, возвратившись в Знаменскую гостиницу, зарядил пистолет. В воскресенье он пробыл целый день в гостинице и никого из знакомых не видел, а в понедельник, около четырех часов пополудни, совершил покушение на жизнь государя императора.