Первым политическим процессом царствования Александра II стал процесс над известным поэтом и публицистом Михаилом Ларионовичем Михайловым. В брошюре «На смерть Михайлова», вышедшей в Женеве в 1865 году, неизвестный автор писал: «
Михайлов был лишен всех прав состояния и приговорен к каторжным работам на рудниках на 12 лет и 6 месяцев. Александр II сократил срок каторжных работ до 6 лет. После унизительной процедуры «гражданской казни», состоявшейся 14 декабря 1861 года, поэт был отправлен в Сибирь.
Насколько гуманно местные власти, в том числе и губернский прокурор, относились к первым политическим преступникам, свидетельствует дело, которое по поручению Александра II расследовал генерал-майор Сколков, когда до Петербурга дошли слухи о «послаблении» Михайлову в Тобольске. В документах, в частности, отмечается, что с Михайлова, без согласования с Петербургом, сняли кандалы, в тюремный замок к нему могли приходить все желающие, а сам он часто свободно выпускался из тюрьмы и даже приглашался на обеды в дома высокопоставленных чиновников. Все это не могло не насторожить центральные власти, и Сколков немедленно был отправлен в Тобольск для проведения строгого следствия.
В процессе расследования были официально допрошены Тобольский губернатор Виноградский, вице-губернатор Соколов, прокурор Жемчужников, смотритель тюремного замка Казаков и полицмейстер Квичинский. Жемчужников, в частности, рассказал, что он видел Михайлова и других политических преступников раскованными, но «
Во время следствия стало известно, что Жемчужников также сердечно относился и к другим политическим преступникам, прибывшим в Тобольск вслед за Михайловым, в частности, к В. А. Обручеву.
Десятого января 1863 года Сколков представил императору рапорт о результатах следствия. В нем он писал о том, что поводом к «послаблению» Михайлову было мнение губернатора Виноградского и прокурора Жемчужникова, что преступники дворянского происхождения за первое совершенное преступление наложению оков не подвергаются. Написал он подробно и о том, что Михайлова принимали у себя дома прокурор Жемчужников, председатель губернского суда Андронников и другие высокопоставленные чиновники. Рассерженный император распорядился отдать под суд прокурора Жемчужникова и других должностных лиц Тобольской губернии. Против фамилии «Жемчужников» Александр II начертал: