В середине февраля 1918 года состоялось заседание Центрального комитета РСДРП (б) по вопросу заключения мира с немцами и подписания Брест-Литовского договора. Казалось бы, что за вопрос, Дыбенко должен двумя руками голосовать за прекращение войны. Ведь именно за это он агитировал в окопах под Ригой, об этом кричал на матросских сходках, под лозунгами немедленного прекращения войны он натравливал своих подручных убивать ненавистных офицеров. Думаю, что и В. И. Ленин считал так же. Но не тут-то было! Неожиданно для всех давний пацифист Дыбенко сразу же озвучил свое неприятие соглашения о мире с немцами. Как нарком флота, Дыбенко представил Совнаркому доклад, озаглавленный «Стратегическая ситуация на море в случае активных действий Германии». Разумеется, автором доклада был не Павел Ефимович. Он его даже не смог озвучить, а просто передал бумаги.
В докладе, подготовленном в штабе Балтийского флота, обосновывался перевод боевых кораблей и судов Балтийского флота из Ревеля и Гельсингфорса в Кронштадт. Однако на заседании Центрального комитета Дыбенко был подвергнут обструкции. Ленин сразу же принял меры и до проведения голосования не дал ему слова. Думаю, что в своих взглядах на продолжение войны с Германией Дыбенко не был самостоятельным, а слушался Коллонтай, которая была ярой противницей Брестского мира. Пока Дыбенко выступал на ЦК партии, она пыталась убедить матросов провести голосование о недоверии ленинской позиции по Брестскому договору в Гельсингфорсе. По словам представителя Финляндии в ЦИК Игнациуса, балтийские матросы стали теперь «вне контроля петроградских большевиков».
Политические разногласия между ленинской партией мира (теми большевиками, кто поддерживал подписание договора) и оппозицией (где ведущие мест занимали Дыбенко с Коллонтай) были столь сильны, что несколько членов правительства пригрозили отставкой. В эту группу наряду с Дыбенко с Коллонтай вошли Крестинский, Володарский, Бронский и Бухарин.
Тем не менее, В.И. Ленин, хоть и с большим трудом, но уговорил большинство поддержать его точку зрения. ЦИК большинством голосов принял решение заключить мир с немцами. Разумеется, противодействие П.Е. Дыбенко заключению договора не прошло незамеченным.
Американец Д. Леви, внучатый племянник П. Дыбенко, так писал о своем дальнем родственнике: “Еще до 23 февраля Павел Дыбенко показал себя «не заслуживающим доверия» ведущей политической структуры, поскольку продолжал отстаивать независимость флота и был, несомненно, одержим защитой плодов Октября. Такая позиция Павла Дыбенко представляла собой политическую угрозу, корни которой лежали не во второстепенных расхождениях или политической борьбе, а в его народническом и демократическом образе в глазах русского народа, вступившем в противоречие с целями ленинской фракции большевиков. Исторические этапы между Великим Октябрем и 23 февраля подтвердили нежелание Дыбенко проводить партийную линию и подчиняться Ленину… Среди политической переписки лидеров большевиков можно найти записи о нелояльности Дыбенко и о том, что ему нельзя доверять”.