Мелик-Пашаев настолько тонко чувствовал музыку, что мог внезапно остановиться во время спектакля, прислушиваясь к тому, как оркестр самостоятельно справляется без дирижера. Его стиль работы, продуманный до мелочей, предусматривал и некоторую театрализацию (что роднило его с Караяном), в частности, Александр Шамильевич любил посреди действия вынуть белый платок и показательно вытереть лицо — свидетельство достигнутого в работе напряжения и эмоционального накала. Музыканты оркестра хорошо знали этот фирменный жест дирижера, трактовавшийся как глубокое удовлетворение. Со стороны могло показаться, что каждое появление Мелика в оркестровой яме равносильно началу киносеанса, в течение которого демонстрируется один и тот же художественный фильм: настолько точно все воспроизводилось до последней ноты, независимо от кратности повторения, будь то тридцатый или пятидесятый спектакль. Это умение дирижера держать высокую планку музыканты расценивали как мудрость творца, в каждый новый спектакль вкладывающего свежую энергию, продлевавшую ему жизнь, зажигавшую артистов и зрителей. «Он знакомил всех, — свидетельствует Докшицер, — с исполнительским планом, который был монолитен и нерушим, и от всех требовал его неукоснительного выполнения. Но на каждом очередном спектакле эта оболочка наполнялась новым дыханием. Это делало спектакли стабильными и живыми. Поэтому Александр Шамильевич не любил в своих спектаклях новых исполнителей, и попасть в его состав молодому человеку, не прошедшему “курс подготовки”, было невозможно». Отдавая должное работе музыкантов, Мелик-Пашаев говорил не «я», а «мы», повторяя: «Подумаем, как это лучше показать».
Среди других удач дирижера — оперы «Кармен», «Мадам Баттерфляй», «Фальстаф», «Травиата», «Борис Годунов», «Князь Игорь». Спектакли шли с неизменными аншлагами. На него специально покупали билеты. Короче говоря, по своему весу и авторитету Мелик-Пашаев был зубр по сравнению со Светлановым. Это было в какой-то мере лицо театра. Но как же Светланову удалось свалить маститого дирижера? Сцены у театра две, а оркестр один. Под предлогом занятости Мелик-Пашаева (да и возраста!) в недрах Министерства культуры СССР и была предложена кандидатура второго главного дирижера — Светланова, для новой сцены. Принятое наверху решение, ставшее результатом подковерных интриг, было чревато двоевластием. «Явная надуманность такой ситуации выглядела откровенным намеком на действующего музыкального руководителя. В дополнение к этому на художественном совете кое-кто из “дышавших в затылок” и “наступавших на пятки” молодых и очень энергичных дирижеров стал позволять себе не совсем уважительные высказывания в адрес Мелик-Пашаева. Дирекция не вмешивалась и не одергивала инициаторов такого рода выпадов», — вспоминает Архипова. В театре многим стало ясно, что главного дирижера выживают из театра.
Как-то Мелик-Пашаев встретил в театре Докшицера, обратившись к нему: «Тимочка, что-то неуютно стало в театре». Другой бы сказал — ужас, скандал, безобразие, а Александр Шамильевич выразился более чем тактично. Такова была его природа. В оркестровой яме он был непререкаем, а в подковерных интригах — не силен. А тут как раз журнал «Советская музыка» раскритиковал в своей статье Мелик-Пашаева с Покровским. В соответствии с канонами времени, в ноябре 1962 года статью собрались обсудить на заседании дирекции и художественного руководства. Мелик-Пашаев и Покровский выступили с предложением о ликвидации института «главных», предложив всю административную власть оставить за дирекцией, а вопросы творческого порядка решать на художественной коллегии. Инициатива была дельной и претворение этой реформы в жизнь сулило Большому театру положительные изменения в репертуарной политике, позволившие бы приглашать больше новых имен из числа дирижеров и постановщиков, и не только советских.