Сталин по-своему, безусловно, прав в этих выводах. Созданная им система управления могла быть относительно эффективной лишь в условиях строгого централизма. В письме от 29 октября Сталин поручит Маленкову назначить комиссию для проверки работы Попова, установит новый порядок назначения районных руководителей в Московской и Ленинградской областях. Укажет он и на основные выводы, которые предстояло сделать по итогам работы комиссии. Маленков соберет так называемую пятерку в составе Молотова, Берии, Кагановича, Булганина и, разумеется, со своим собственным участием. 1 ноября пятерка примет решение: «Поручить комиссии в составе тт. Маленкова, Берия, Кагановича и Суслова проверить деятельность т. Попова Г.М., исходя из указаний т. Сталина, изложенных в письме от 29 октября с. г.». Через месяц и появится упомянутая выше записка в ЦК. Маленков подготовит ее от имени комиссии, сославшись на поручение Политбюро. Поводом для проверки, как будет отмечено в записке, станет письмо трех инженеров.
В этом «московском деле» Маленков должен был чувствовать себя неуютно. Ведь в годы Большого террора Попов работал под началом Маленкова в Отделе руководящих партийных органов, и на руководящие посты его выдвинул, как вспоминал позднее Хрущев, именно Маленков172.
Попов будет обвинен в зажиме критики недостатков работы МГК и МК, болезненном и нетерпимом восприятии критики в адрес московского партийного руководства. Попов, сказано в проекте постановления, «пренебрежительно относится к идущей снизу критике тех или иных руководящих работников Москвы и Московской области», которых он «зачастую стремится упорно защищать… выгораживать и оберегать от критики». Вполне логичным представляется предположение, что в его действиях высшее партийное руководство усмотрело попытку создания московской группировки, связанной личными связями с ее руководителем. Практически дословно будут воспроизведены претензии и фразеология сталинского письма: Московский комитет «по вине т. Попова» пытается «подмять министров и командовать министерствами, подменять министров, правительство и ЦК ВКП(б)». В проекте постановления будут упомянуты и его «местнические тенденции»: «Возомнив, что ему все позволено, т. Попов требует от министров, чтобы они беспрекословно подчинялись указаниям Московского комитета и по вопросам, связанным с союзными предприятиями, расположенными в Москве и Московской области, министерства без согласования с МК не обращались в правительство».
Маленков предложит освободить Попова от обязанностей секретаря МК и МГК, секретаря ЦК, сохранив за ним пост председателя Исполкома Моссовета «и обязав его решительно изжить небольшевистские методы в своей работе».
Однако в окончательной редакции постановления Политбюро «О недостатках в работе тов. Попова Г.М.» от 12 декабря формулировки о «небольшевистских» методах были изменены. Да и само название документа «О недостатках…» вместо «О Попове Г.М.» переводило разговор в плоскость частных претензий, не ставя под сомнение репутацию в целом. Вероятно, окончательно эти решения были приняты сразу после возвращения Сталина из отпуска. 10 декабря в 21:30 в своем кремлевском кабинете Сталин соберет Маленкова, Берию, Кагановича, Суслова, то есть членов маленковской комиссии, и самого Попова. Разговор продлится два часа. Затем Попов и Суслов выйдут, и еще 15 минут Сталин будет совещаться с оставшимися в кабинете соратниками. После чего на 15 минут в кабинет зайдет вызванный с Украины Хрущев. Таким образом, непредвиденным результатом смещения Попова станет возвращение в Москву Хрущева, назначенного секретарем ЦК и руководителем Московской партийной организации. Впрочем, некоторые историки полагают, что истинной целью Сталина в «московском деле» был перевод в Москву Хрущева в качестве противовеса усилившимся Маленкову и Берии173.