Спустя шесть дней, 11 июля 1951 года, Политбюро приняло постановление «О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности СССР», которое содержало ссылку на итоги работы названной выше комиссии Политбюро под председательством Маленкова. 13 июля центральным комитетам компартий союзных республик, крайкомам, обкомам партии, министерствам госбезопасности союзных и автономных республик, краевым и областным управлениям МГБ было разослано закрытое письмо ЦК с точно таким же названием, что и постановление. Комиссия, сказано в письме, установила, что «среди врачей, несомненно, существует законспирированная группа лиц, стремящихся при лечении сократить жизнь руководителей партии и правительства». Министра госбезопасности Абакумова обвиняли в том, что он помешал ЦК выявить «безусловно существующую» группу, выполняющую «задания иностранных агентов по террористической деятельности». Абакумов был снят с должности министра как человек, «совершивший преступления против партии и Советского государства», он был исключен из партии, а его дело решили передать в суд204.
На место Абакумова Политбюро назначит заведующего Отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов ЦК ВКП(б) С.Д. Игнатьева. Маленков поручит оформить назначение распоряжением Совмина и разослать на места и членам ЦК. Чистке подвергнется руководящий состав МГБ, управлений МГБ по Московской и Ленинградской областям. Рюмин будет назначен заместителем министра госбезопасности205. Причем Поскребышев считал, что на эту должность Рюмина выдвинул именно Маленков206.
В январе 1952 года Рюмин получит санкцию на подготовку дела ЕАК к рассмотрению на закрытом судебном процессе. В марте следственная часть Министерства госбезопасности оформит материалы следствия в 42 тома. 3 апреля ставленник Маленкова Игнатьев направит обвинительное заключение, одобренное Рюминым, Сталину, а копии – Маленкову и Берии. Игнатьев и Рюмин предложили приговорить в смертной казни всех обвиняемых, за исключением Лины Штерн – действительного члена Академии медицинских наук. Рекомендации МГБ будут воспроизведены практически без изменений в соответствующем постановлении Политбюро. Единственное исключение коснется Л.С. Штерн, которой сократят срок ссылки с 10 до 5 лет. 7 апреля дело ЕАК направят в Военную коллегию Верховного суда. Закрытый суд будет проходить в помещении клуба МГБ с 8 мая по 18 июля 1952 года под председательством генерал-лейтенанта А.А. Чепцова. На скамью подсудимых попадут четырнадцать человек.
Лозовский будет одним из тех, кто займет принципиальную позицию, полностью отрицая свою виновность. Обвинения в том, что ЕАК был «шпионским центром», Лозовский на одном из судебных заседаний назовет «вздором». Он опишет деятельность ЕАК, ссылаясь на различные директивные документы, переписку, которые ясно демонстрировали, что комитет всегда проводил советскую политику, а его деятельность согласовывалась с властями и находилась под их контролем. Под конец процесса все подсудимые откажутся от признательных показаний, данных в ходе следствия207.
После смерти Сталина Чепцов напишет заявление на имя маршала Г.К. Жукова, в котором сообщит, что в начале июля 1952 года он отложил слушание дела и обратился к генеральному прокурору Г.Н. Сафонову и председателю Верховного суда А.А. Волину с просьбой поддержать его обращение в ЦК с предложением продолжить расследование дела ЕАК. По его мнению, МГБ в ходе следствия нарушило законность и подготовило материалы дела к суду с явными изъянами. Оба откажутся поддержать ходатайство Чепцова. Председатель Комиссии партийного контроля Шкирятов заявит Чепцову, что убежден в виновности осужденных. Чепцов решится продолжить свою активность, что само по себе не может не вызвать удивления. Он обратится к Маленкову. Тот примет его в присутствии Игнатьева и Рюмина. Рюмин, по словам Чепцова, обвинил его в либеральном отношении к врагам народа, в преднамеренном затягивании процесса и клевете на МГБ. Выскажется, и вполне недвусмысленно, и сам Маленков. «Что же вы, – скажет Маленков, – хотите нас на колени поставить перед этими преступниками? Ведь приговор по этому делу апробирован народом, этим делом Политбюро ЦК занималось три раза. Выполняйте решение Политбюро!»208 Мужества довести свою линию до конца Чепцову не хватит. Приговор, предписанный к вынесению не судебным, а политическим органом власти, будет им оформлен в соответствии с предписанием, прозвучавшим из уст Маленкова.
В июле 1952 года в числе тринадцати других членов ЕАК Военной коллегией Верховного суда СССР Лозовский будет приговорен к расстрелу. В последнем слове на суде он заявит: «Я сказал все и не прошу никаких скидок. Мне нужна полная реабилитация или смерть…» Чепцов предпримет последнюю попытку изменить ситуацию. Он даст ход просьбам о помиловании, поступившим от осужденных, и перешлет Сталину личное послание Лозовского. Реакции, как и следовало ожидать, не последовало. 12 августа приговор был приведен в исполнение.