Линкольн намеревался продолжать руководить страной. Понимая, что для этого ему необходимо сплотить как можно более широкие политические силы, он выступил инициатором коалиции республиканцев с так называемыми «военными демократами» — фракцией, образовавшейся в Демократической партии, которая выступала за союз с республиканцами в достижении победы над югом. Линкольн воспользовался тем, что демократы раскололись не только на южную и северную группы, но и внутри севера: «военным демократам» противостояли «мирные демократы», главным лозунгом которых было прекращение гражданской войны во что бы то ни стало.
Именно к «военным демократам» принадлежал военный секретарь Стэнтон. В качестве кандидата на пост вице-президента был подобран также член этой группировки Эндрю Джонсон. Более того, сохраняя Республиканскую партию как таковую, Линкольн решил выступить на выборах в качестве кандидата некого особого политического образования — Национальной партии Союза, хотя фактически таковой не существовало. Это был лишь предвыборный прием — фактически под этим названием выступала Республиканская партия, сохранявшая в отдельных штатах свои организации под прежним названием.
Съезд республиканцев под новым, временным названием состоялся в Балтиморе в начале июня. Была утверждена предвыборная платформа, основными пунктами которой были «безоговорочная капитуляция» Конфедерации (такой термин появился в политическом лексиконе впервые), принятие поправки к Конституции об отмене рабства, создание законодательства о помощи ветеранам войны, нейтралитет по отношению к европейским делам и следование доктрине Монро, поощрение иммиграции, строительство трансконтинентальной железной дороги. В платформе специально отмечалось смелое поведение частей, состоявших из черных американцев. Выражалась благодарность Линкольну за умелое руководство страной в условиях войны. Линкольн был выдвинут в президенты уже в первом туре голосования.
Как раз в то время, когда шла подготовка к выборам, армии севера потерпели несколько поражений. Эти события не повлияли на общий исход войны, но оказали воздействие на настроения избирателей. Склонный преувеличивать опасность, Линкольн высказался в том смысле, что, скорее всего, он потерпит на выборах поражение. К предвыборным дням относился написанный им текст обращения к нации с клятвой, что и в случае неудачи на выборах он не оставит своего поста, пока не будет полностью разгромлена Конфедерация. Подумав, Линкольн решил не предавать этот текст гласности (он был обнаружен в запечатанном конверте на его рабочем столе).
Демократическая партия севера оставалась к выборном году в состоянии раскола. Ее отдельные фракции выдвинули кандидатами генерала Д. МакКлеллана и сенатора Д. Фримонта.
В выборах 8 ноября не участвовали южные штаты, то есть они проводились в 25 штатах, в том числе в трех новых, образованных в условиях войны (Канзас, Западная Вирджиния, Невада). Вопреки опасениям, Линкольн одержал блестящую победу. Он победил в 22 штатах, завоевав 212 голосов выборщиков (МакКлеллан получил всего 21 место в коллегии). Правда, по количеству поданных голосов результаты были скромнее (в пользу Линкольна голосовали чуть более 55 % избирателей, или 2,2 млн человек). 4 марта 1865 г. состоялась вторая инаугурация Авраама Линкольна. Его речь не содержала каких-либо новых по сравнению с избирательной платформой положений. В основном она была выражением скорби о погибших с обеих сторон.
Уже в условиях войны на территориях юга, занятых войсками федерации, по распоряжениям Линкольна начинали проводиться социально-экономические и политические преобразования, которые позже, уже после его гибели, получили название реконструкции. Фактически преобразования были начаты после издания прокламации об освобождении рабов и формирования в 1863–1864 гг. временных «реконструкционных» правительств в Теннесси, Арканзасе и Луизиане, а также предоставления земель в пользование и собственность бывшим рабам в Южной Каролине, что рассматривалось как прецедент для других территорий.
При Линкольне реконструкционные мероприятия проводились крайне осторожно. Президент рекомендовал сразу же освобождать тех рабов, которые изъявляли желание отправиться воевать. Остальные должны были оставаться в течение года на положении временных работников на плантациях с оплатой в 10 долларов в месяц. Формальное освобождение рабов автоматически не сопровождалось легализацией ранее заключенных фактических браков между черными и белыми — они были редкостью, но все же иногда возникали. Дети от таких браков по-прежнему изымались из семей — теперь под предлогом «предоставления им хорошего присмотра и жилья до достижения совершеннолетия». Фактически они во многих случаях продолжали использоваться как рабочая сила на плантациях.