Нельзя сказать, что Линкольн был уверен в быстром достижении победы. В первые месяцы войны им часто овладевали пораженческие настроения, возникало чувство отчаяния, в результате чего он в течение нескольких дней просто не занимался делами, а «размышлял» о судьбе страны и собственной незавидной судьбе, взвешивал, правильно ли поступил, спровоцировав нападение на Форт-Самтер, не является ли он сам главным виновником пролития братской крови. Такого рода настроения довольно быстро уступали место повышенной военно-политической активности, которую стремились стимулировать наиболее деятельные члены кабинета. Среди них самым энергичным являлся государственный секретарь Уильям Сюард. Вначале Линкольн возлагал немалые надежды на военного секретаря Саймора Камерона. Он, однако, не проявил должных способностей государственного мужа. Более того, вскоре в его ведомстве были обнаружены крупные финансовые злоупотребления. В начале 1862 г. президент уволил Камерона и назначил военным секретарем Эдвина Стэнтона, бизнесмена, в прошлом консервативного демократа, который теперь перешел в лагерь республиканцев. С новым министром были установлены тесные отношения. Стэнтон исправно выполнял распоряжения Линкольна, особенно важные в условиях войны.
Развернутая по инициативе правительства агитация, присоединение к ней организаций Республиканской партии и многочисленных общественных движений и прессы, поддержка промышленного и банковского капитала привели к патриотическому подъему в северных штатах. Проводились массовые митинги, произносились пламенные речи, принимались патриотические резолюции.
Линкольн объявил южные штаты в состоянии мятежа, ввел морскую блокаду их побережья, чтобы не допустить помощи из европейских стран, в частности Великобритании, с которой юг был связан экономически, объявил о наборе в армию не менее 75 тыс. добровольцев и предоставлении льгот в получении американского гражданства тем иммигрантам, которые будут воевать в армии северян. Армия, однако, не была должным образом подготовлена к ведению военных действий. Во главе нее стояли неопытные генералы. Не проявил необходимых способностей и генерал Джордж МакКлеллан, которого Линкольн в начале ноября назначил командующим всеми армиями. Начавшиеся в июне 1861 г. бои имели местное значение, причем армии севера большей частью их проигрывали, иногда даже обращаясь в бегство. Оказывалось, во-первых, что выступать на митингах было легче, чем идти в бой с угрозой для жизни, а во-вторых, для ведения боя и тем более военной кампании необходимы были знания и опыт.
Напряженное положение сохранялось, временами усиливаясь до крайности в тех рабовладельческих штатах, которые не решились выйти из Союза. В штате Мэриленд произошло несколько нападений толпы на войска, когда те перегружались из одного железнодорожного состава в другой, а вслед за этим сожжены два небольших моста, что воспрепятствовало, правда на краткое время, переброске войск. После этого Линкольн издал прокламацию об отмене гражданских прав в зоне военных действий в том случае, если военные руководители на местах сочтут это необходимым. Иначе говоря, он предоставил генералам право самостоятельно вводить военное положение. Во исполнение этого распоряжения в Мэриленде военные арестовали почти все руководство штата, включая губернатора. В Конгрессе действия президента были подвергнуты острой критике. Депутаты все еще не могли осознать, что страна находится в состоянии войны.
Положение Севера еще более осложнил захват 8 ноября 1861 г. британского парохода «Трент» (Trent) с эмиссарами Юга на борту. Оказалось, что Великобритания осмелилась нарушить морскую блокаду. США вновь оказались на грани войны с «владычицей морей».
Лишь постепенно экономические преимущества северных штатов вместе с приобретенным военным опытом и появлением новых талантливых военачальников начинали отражаться на ходе военных действий. Сказался и тот факт, что Линкольн как Верховный главнокомандующий оказался способен быстро распознавать таланты генералов и назначать их на ответственные посты.
Особенно яркой в этом отношении была судьба Улисса Гранта, который возглавлял вначале небольшой отряд добровольцев, но вскоре стал генералом и получил под свое начало целые армии. (Гранту, ставшему позже президентом США, посвящен отдельный очерк.) В то же время Линкольн был крайне недоволен действиями МакКлеллана. После нескольких неудачных сражений тот был смещен с поста командующего, а на его место назначен добившийся нескольких побед Эмброуз Бернсайд. Впрочем, и этот генерал не раз терпел поражения.