Но вернемся к Гранту. Немедленно после победы над Ли Грант отправился в Вашингтон, где был с почетом принят Линкольном. Генерал участвовал в заседании правительства, а затем был приглашен президентом на спектакль в театре Форда, о чем стало известно заговорщикам, запланировавшим одновременное убийство Линкольна и Гранта. В последний момент, однако, по настоянию жены Джулии Грант отказался от посещения театра и отправился к родственникам в Филадельфию, избежав, таким образом, возможного убийства. После гибели президента военный секретарь Стэнтон немедленно известил об этом Гранта, который возвратился в Вашингтон и принял участие в траурной церемонии. Очевидцы рассказывали, что суровый генерал плакал, не скрывая слез.
Грант пользовался такой славой, что специальным решением Конгресса в июле 1866 г. было провозглашено создание нового высшего воинского звания генерала Армии США (
К новому президенту Джонсону Грант относился с недоверием. Он говорил жене, что отношение Джонсона к белым южанам таково, что гражданская война может вспыхнуть вновь. Тем не менее, сдерживая свои чувства, он продолжал службу, воздерживаясь от открытой критики президента, хотя в кругах Конгресса было известно о его позиции.
Учитывая популярность Гранта, Джонсон уговорил его отправиться в конце 1865 г. в длительную командировку на Юг для выработки рекомендаций по проведению там реконструкции. Доклад генерала не понравился президенту. Грант рекомендовал создавать бюро освобожденных с участием как представителей правительства, так и бывших рабов, которые обладали бы широкими правами в решении вопросов, связанных с превращением негров в полноправных граждан. Президента не удовлетворило и мнение Гранта, что Юг еще не готов к самоуправлению, что его территория нуждается в опеке федеральных властей и армии. Более сочувственно Джонсон отнесся к мнению, что федеральное правительство должно принять меры по обеспечению благоприятных условий жизни ветеранов войны, как белых, так и черных.
Когда Джонсон сместил военного секретаря Стэнтона, он назначил на его место Гранта, рассчитывая, что популярность генерала будет способствовать укреплению его собственных позиций. Военным секретарем Грант работал пять месяцев, но сразу же возвратил этот пост Стэнтону, когда Конгресс отверг назначение президента и принял решение о грубом нарушении им закона о пребывании в должности. Слабо разбиравшийся в вопросах высокой политики, не желая вмешиваться в конфликт между президентом и Конгрессом (хотя в глубине души считавший позицию Конгресса более основательной), Грант на протяжении своего пребывания в правительстве, по существу дела, лишь молча следил за развитием событий. Скорее всего, он принял назначение не из каких-либо политических или карьерных соображений, а как почетную должность.
Разъяренный Джонсон вновь отстранил Стэнтона от поста и попытался возвратить его Гранту. Последний, однако, на заседании правительства заявил, что подчиняется решению Конгресса. Джонсон осмелился публично обругать «национального героя». На этом попытка их сотрудничества завершилась.
Конфликт с президентом превратил Гранта из военного героя еще и в крупную политическую фигуру, хотя он, судя по его последующим заявлениям, отнюдь на это не претендовал. Однако Республиканская партия теперь видела в нем наиболее значительную фигуру, которую можно было бы противопоставить всем другим кандидатам на президентских выборах 1868 г. Гранта уговорили стать политиком. В начале 1868 г. он объявил себя сторонником Республиканской партии и согласился стать ее номинантом. На съезде 20–21 мая в Чикаго Грант получил необходимое большинство голосов уже в первом туре и стал партийным кандидатом. Для того чтобы политически уравновесить неопытного в гражданских материях генерала, на пост вице-президента был выдвинут спикер Палаты представителей Шайлер Колфакс, радикальный республиканец из Индианы. Колфакс с удовольствием дал согласие на выдвижение, полагая, что в случае избрания он будет фактически руководить страной при мало развитом в политическом отношении президенте.