Утвержденная съездом платформа содержала требования предоставления неграм права голоса на юге как шага на пути к их превращению в равноправных граждан, но высказывалась за предоставление штатам севера права решать вопрос о голосовании черных. В платформе выдвигались требования поощрения эмиграции из стран Европы в США и наделения полными правами иммигрантов, содержалась резкая критика президента Джонсона как узурпатора. Демократическая партия выдвинула кандидатом губернатора штата Нью-Йорк Горацио Сеймура, отказав в доверии президенту Джонсону, который попытался выдвинуться от демократов.
Кампания, как это уже стало обычаем в США, носила острый характер. Но Грант не принимал в ней участия, ограничившись письмом о согласии на номинацию, которое завершалось словами: «Пусть восторжествует мир». Эти слова стали основным и удачным лозунгом республиканцев, исходивших из того, что страна крайне устала от четырех лет гражданской войны и последующей за ней политической конфронтации о путях проведения реконструкции. Нация действительно стремилась к миру и считала победоносного Гранта таким же победоносным миротворцем.
Выборы состоялись 3 ноября. Вопреки ожиданиям, победа Гранта не была столь сокрушительной, как на это надеялись республиканцы. Он получил чуть более 3 млн голосов против 2,7 млн проголосовавших за Сеймура. Значительная часть американцев все же предпочитала на посту президента профессионального политика, а не героя войны. Отрицательные для Гранта результаты в некоторых южных штатах были связаны с тем, что здесь начались активные выступления ку-клукс-клана, которому во многих случаях удавалось просто запугать негров, заставив их отказаться от голосования или даже проголосовав против Гранта. В то же время большинство новых избирателей высказались за республиканского кандидата как за своего освободителя, не вдаваясь в подробности платформы. В коллегии выборщиков победа Гранта оказалась значительно более определенной: он получил 214 голосов, тогда как его соперник — 80.
Бывший президент Джонсон отказался посетить инаугурацию Гранта 4 марта 1869 г., оставив Вашингтон, даже не поздравив нового президента.
Сразу после победы Грант допустил первую из ошибок, которыми изобиловало его восьмилетнее президентство. Он образовал правительство из своих друзей и сторонников, почти не проводя политических консультаций. Государственным секретарем был назначен Элияху Уошберн, член Палаты представителей, который на протяжении всех лет войны выступал политическим покровителем Гранта. Пробыл он на своем посту менее двух недель, после чего, поняв, что не в состоянии справиться со всем комплексом международных дел, попросился в отставку и был назначен послом в Париж. Он сыграл значительную роль в качестве посредника во время переговоров о перемирии во время Франко-прусской войны в 1870 г. Уошберн был заменен сенатором Гамильтоном Фишем, который оказался более подготовленным и сохранил пост на протяжении обоих сроков президентства Гранта.
Что же касается поста военного секретаря, который Грант считал особенно важным, то на него был назначен его старый друг Джон Роулинс, служивший в армии под его началом на протяжении всей Гражданской войны. Его деятельность вызвала постоянно нараставшее недовольстве конгрессменов, а через полгода, в сентябре 1865 г., он умер. Его место занял Уильям Белкнап из Айовы, старый знакомый и подчиненный президента. Ряд других назначений также был связан с прошлыми добрыми отношениями независимо от квалификации и других качеств новых министров. Большинство из них были бывшими военными. Отдельные назначения, сделанные Грантом, должны были засвидетельствовать его стремление к полному восстановлению единства нации. Таковым было назначение бывшего генерала армии конфедератов Джеймса Лонгстрита на пост руководителя таможни, что вначале было встречено с негодованием радикальными республиканцами. С другой стороны, среди белого населения юга вызвало крайнее недовольство назначение двух черных на дипломатическую службу, правда, на отнюдь не самые важные посты — в Либерию и на Гавайи.
Некоторые из министров правительства Гранта оказались охваченными жаждой обогащения. Непосредственно в денежные скандалы оказался вовлеченным позже Белкнап, которого обвиняли в злоупотреблениях при покупке земель у индейских племен. Министру угрожало расследование, а затем и увольнение. Чтобы не испытывать судьбу, он сам ушел в отставку. Другие же министры, сами не являвшиеся коррупционерами, поощряли все более нараставший по мере развития промышленной революции дикий капитализм и оказывались в той или иной степени связанными с набиравшим силу финансовым капиталом. В плену спекулятивных махинаций оказался со временем и сам президент.