По распоряжению Артура были приняты меры к созданию современного военного флота. В начале 1883 г. по его предложению Конгресс принял решение о строительстве четырех крупных стальных военных кораблей, получивших название крейсеров. Двигателями крейсеров «Чикаго», «Йорктаун», «Бостон» и «Атланта» являлись паровые машины, хотя сохранялись и паруса. В городе Ньюпорт (штат Род-Айленд) был открыт военно-морской колледж. При Чандлере был создан отдел военно-морской разведки. Сам же департамент, который ранее существовал скорее на бумаге, становился более или менее действенным органом руководства созданием нового флота с целью превращения США в военно-морскую державу.
Определенная ирония заключалась в том, что Артур, в прошлом ярый фракционер, пошел, наконец, по пути действительного реформирования гражданской службы, планы которого намечались, но по разным причинам не претворялись в жизнь прежними президентами. Ко времени его вступления на пост в Конгрессе уже рассматривался проект закона, внесенный сенатором от Демократической партии Джорджем Пендлтоном. Прения, однако, затягивались. Члены Палаты представителей и сенаторы не могли отрешиться от старых представлений о «вознаграждении» активных членов своих партий путем назначения их на ответственные и выгодные государственные посты. Такой метод раздачи должностей получил в прессе злобное название «дележа добычи». Уже в первом годичном послании Конгрессу в 1881 г. Артур призвал к скорейшему рассмотрению столь актуального законопроекта. Он напомнил, что убийство его предшественника Гарфилда было связано именно с попыткой получения выгодной должности. Такой поворот не был вполне оправдан, так как сводил общую государственную проблему к частному, хотя и трагическому, случаю. Однако воспоминания о недавнем событии, как и тот факт, что законопроект, внесенный представителем другой партии, соответствовал настроению президента-республиканца, способствовал ускорению законодательного процесса.
В январе 1883 г. был, наконец, принят закон о регулировании и совершенствовании гражданской службы, обычно именуемый законом Пендлтона. Создавалась постоянная назначаемая президентом Комиссия по гражданской службе, которая должна была проводить открытую конкурсную проверку кандидатов на службу. Проверка проводилась в форме письменных экзаменов. Нарушение закона каралось заключением до пяти лет или штрафом, а в некоторых случаях тем и другим одновременно. Закон был принят на двухпартийной основе. В Сенате за него голосовали 38 человек, против 5, в Палате представителей — за 155 депутатов, против 47.
Комиссию по гражданской реформе возглавил беспартийный юрист Дорман Итон, который уже ряд лет выступал за проведение соответствующих преобразований, изучал постановку государственной службы в Великобритании и опубликовал книгу на эту тему. Назначение Итона было воспринято позитивно в обеих партиях. Под его руководством комиссия создала свои отделения в штатах, стала посылать регулярные доклады президенту. Подчас она даже выходила за пределы своих полномочий, пытаясь сократить сбор денежных средств на проведение избирательных кампаний. Закон Пендлтона оказался сравнительно надежным средством комплектования государственных учреждений компетентными сотрудниками и значительного сокращения коррупции, хотя полностью избавиться от нее при назначении чиновников не удалось. Закон действует по настоящее время. Проведение его в жизнь, внимание к его исполнению были главной заслугой президента Артура.
Ему, однако, не хватало выдержки для напряженной руководящей деятельности. С самого начала пребывания в Белом доме он не перегружал себя делами, устраивал частые выезды в отпуск, принимал посетителей лишь по несколько часов, и не каждый день. Со временем президент, как он говорил близким, чувствовал себя все более уставшим и стремился избавиться от «надоедающей ответственности». Сотрудники удивлялись такому поведению, имея в виду высокую активность Артура в допрезидентские годы. Оказалось, что он страдал рядом болезней, в частности воспалением почек (в наше время эта болезнь называется пиелонефритом). Довольно часто у него повышалась температура, возникали головные боли и боль в пояснице. К тому же во время поездки во Флориду в 1883 г. он заболел малярией.
Несмотря на болезни и общую усталость, Артур надеялся, что в 1884 г. его выдвинут на президентский пост, что явно противоречило его общему настроению. Сказалось, видимо, давление однопартийцев. Проводил он свою кампанию пассивно, и республиканский съезд выдвинул в президенты его старого оппонента Блейна. Хотя на словах Артур согласился с номинацией, в течение всей избирательной кампании он никак себя не проявлял. Последним публичным появлением уходящего в отставку президента было его председательство на открытии в столице Мемориала Джорджа Вашингтона, строительство которого было наконец завершено после почти сорокалетней работы.