Джонсон, как и его предшественник, придерживался «теории домино», согласно которой приход к власти коммунистов в какой-либо стране (в данном случае во Вьетнаме) неизбежно приведет к аналогичным событиям в соседних странах, что в конечном счете будет означать весьма опасное расширение коммунистического влияния на значительную часть земного шара, прежде всего в Азии, Африке и Латинской Америке.
Второго и 4 августа 1964 г. произошел так называемый Тонкинский инцидент, когда, по данным американской стороны, северо-вьетнамские торпедные катера атаковали в Тонкинском заливе военные корабли США. Ситуация была неясной, в докладах были сведения, что произошла ошибка, что атаки не было, что за вьетнамские силы были приняты помехи в радиосигналах. Но Джонсон приказал нанести авиаудары по морским базам Северного Вьетнама и по нефтехранилищу. Операция была проведена 5 августа и стала первым налетом на Северный Вьетнам американской авиации, за которым последовали новые.
Одновременно Джонсон обратился к Конгрессу с заявлением об агрессивных акциях Северного Вьетнама против США. 7 августа на совместном заседании палат был принят документ «О положении в Юго-Восточной Азии», получивший в обиходе название Тонкинской резолюции. Подписанная президентом 10 августа, она предоставляла ему право использовать любые меры, включая боевые действия, для обеспечения свободы стран Юго-Восточной Азии. Летом 1965 г. Джонсон принял решение об увеличении американского контингента во Вьетнаме до 540 тыс. человек. Кроме того, он санкционировал использование во Вьетнаме сухопутных войск. ВВС США развернули бомбардировки столицы Северного Вьетнама Ханоя и других городов, причем не делая различия между военными объектами и жилыми кварталами.
Тем временем Джонсону докладывали о малой эффективности бомбардировок: они то прекращались, то возобновлялись, но реального воздействия на соотношение сил не оказывали. Участие американских военных в операциях в джунглях вело к росту потерь. В США все чаще прибывали самолеты с гробами солдат и офицеров. Из Южного Вьетнама поступали сообщения о разложении правительственной армии и коррупции местных чиновников. Недовольство росло, и даже председатель сенатского Комитета по вооруженным силам Р. Рассел в июне 1966 г. заявил, что «настало время убираться оттуда», то есть из Вьетнама. Президент ответил, что он стремится «дать максимальный отпор коммунистической агрессии при минимальных расходах с нашей стороны».
Со 2-й половины 1966 г. в США стало развиваться массовое движение за вывод войск из Вьетнама. Создавались разного рода антивоенные организации, проводились марши протеста, в том числе возле Белого дома. Часто марши завершались кровавыми столкновениями с полицией. Резко изменились настроения общества: данные Института Гэллапа, занимающегося обследованием общественного мнения, свидетельствовали, что в июле 1967 г. 52 % населения осуждали действия Джонсона в ведении войны во Вьетнаме и только 34 % считали, что он добивается хотя бы какого-то успеха. За рубежом Джонсона осуждали как поджигателя войны, причем острая критика шла не только из коммунистических и леволиберальных кругов. Всемирно известный философ Бертран Рассел назвал политику Джонсона «варварской, агрессивной и завоевательной войной» и выступил инициатором создания Международного суда над военными преступниками.
Президент несколько раз заявлял, что вся кампания организована советской агентурой, что опровергалось докладами ЦРУ и ФБР. В этих условиях отказаться от бомбардировок и начать вывод американских войск из Вьетнама означало признание не только поражения США, но и провал политики Джонсона как президента и личности. Этого он никак не мог допустить. Военные усилия США постоянно усиливались, росла численность американских войск, военные действия активизировались. Правда, заручившись неохотным согласием президента, госсекретарь Раск поручил своим сотрудникам начать секретные переговоры с представителями Северного Вьетнама в Варшаве об условиях прекращения военных действий. Однако каких-либо позитивных результатов эти беседы до конца президентства Джонсона не дали.
Репутация Джонсона резко упала, несмотря на его интенсивные усилия по «войне против бедности» и безуспешные попытки добиться победы во Вьетнаме. Джонсон порой приходил чуть ли не в бешенство. Он заявил Роберту Кеннеди, который резко критиковал его вьетнамскую политику и фамилия которого все чаще называлась в качестве наиболее вероятного кандидата Демократической партии на президентских выборах 1968 г.: «Я просто уничтожу вас и всех ваших голубей», — добавив, впрочем, для ясности: «Через шесть месяцев вы будете политическими трупами».
Однако политическим трупом скорее становился сам Джонсон. Он вынужден был прекратить публичные выступления, так как спецслужбы предупреждали его, что любое такое выступление может завершиться трагически. Демонстранты сжигали призывные повестки и даже государственные флаги США. По всей стране распевали песенку: