Летом 2001 г. сенатор Джеймс Джеффордс (штат Вермонт) отказался поддержать сокращение налогов, вышел из республиканской фракции и фактически присоединился к демократам, в результате чего республиканцы утратили контроль над верхней палатой. В связи с этим администрация Буша наметила план издания ряда президентских распоряжений, которые не требовали одобрения Конгресса, но имели фактически силу законов. Первым стала группа мер, направленных на дальнейшее расширение использования персональных компьютеров, прежде всего в системе образования. Из президентского фонда выделялись средства на предоставление школьникам и родителям возможности пользоваться электронной почтой в общении с учителями. Намечены были, но пока не обнародовались меры по ограничению подростковой беременности, борьбе с наркоманией в школах, а также по улучшению содержания заключенных.
На протяжении первой половины 2001 г. рейтинг Буша непрерывно рос. Обстановка в стране была вполне спокойной. Все изменилось 11 сентября. Утром этого дня исламские террористы, члены «Аль-Каиды», которую возглавлял миллионер из Саудовской Аравии Усама бен Ладен, захватили несколько пассажирских самолетов и совершили серию самых крупных в истории терактов. Два самолета врезались в башни-небоскребы Всемирного торгового центра (ВТЦ) в южной части Манхэттена, один — в здание Пентагона в окрестностях Вашингтона, четвертый самолет был перехвачен командой и пассажирами, в результате схватки потерял управление и упал в округе Сомерсет в штате Пенсильвания. Башни ВТЦ рухнули, погребя под собой соседние здания. Самолет, врезавшийся в Пентагон, разрушил одно крыло огромного пятиугольника, а соседние помещения были охвачены пожаром, который удалось погасить с большим трудом. Жертвами терактов стали 2977 человек (без учета 19 террористов), в том числе 2606 человек в ВТЦ, 125 — в Пентагоне, 246 пассажиров и членов экипажей четырех самолетов.
ЦРУ к этому времени уже располагало данными об организаторах терактов. Правительству пришлось признать, что «Аль-Каида» была создана — вначале под другим названием — при поддержке США вскоре после ввода в Афганистан советских войск в конце 1979 г. Через некоторое время ее возглавил бен Ладен, объявивший себя руководителем радикальных исламистов и призвавший к уничтожению всех, кто препятствует распространению «истинной веры». Он стал выпускать фетвы — решения высшего должностного лица ислама, призывавшие «повсюду убивать американцев».
Президент Буш находился в то утро во Флориде, в городе Сарасота, где должен был встретиться с учителями и учениками начальной школы. Перед тем как он зашел в класс, ему доложили о том, что произошла «какая-то катастрофа» в ВТЦ, но что именно случилось, не было ясно. Буш начал разговор с детьми, когда в класс вошел его помощник и на ухо прошептал, что совершен теракт и обе башни рухнули. Позже школьники вспоминали, как изменилось лицо президента. Буш немедленно отправился в аэропорт и распорядился о вылете в Вашингтон. Охрана президента, как часто бывает в подобных случаях, проявила некомпетентность и растерянность: согласно инструкциям, его должны были немедленно в замаскированном виде отправить в ближайшее секретное убежище (на территории страны их было несколько), где он должен был находиться до тех пор, пока не будет уверенности в его безопасности. Только когда президент поднялся на борт своего самолета, растерявшаяся в первые минуты охрана спохватилась и настояла, чтобы Буш отправился не в столицу, а в район города Сент-Луиса, где находилось одно из убежищ. Самолет был поднят на максимальную высоту, его сопровождали срочно вызванные истребители. У кабины экипажа и рядом с президентом все время находились вооруженные охранники на случай, если в самолете вдруг окажется террорист.
В самолете Буш сделал первое после теракта заявление: «Мы в состоянии войны. Когда мы найдем тех, кто это сделал, они не будут в восторге от меня как президента. Кто-то должен за это поплатиться. Я должен как можно скорее выяснить, кто это сделал. Это займет какое-то время, но это наказание будет совсем не мягким». Вечером 11 сентября руководство спецслужб наконец пришло к выводу, что непосредственной опасности для жизни президента нет, и он смог вернуться в Вашингтон. Теперь уже из Белого дома Буш выступил с обращением к нации, в котором призвал американцев к сплочению: «Сегодня — день, когда все американцы, из всех слоев общества, объединяются в нашей решимости сохранить справедливость и мир. Америка подавляла своих врагов и раньше, и мы сделаем это теперь. Никто из нас никогда не забудет этот день». Действительно, нация, казалось, сплотилась в решимости не допустить более атак на страну, отомстить организаторам террора. Независимо от партийной принадлежности, политических и религиозных пристрастий, американцы, по крайней мере на словах, одобрили намерение президента предпринять глобальную войну против международного терроризма.