Доктрина Буша привела к серьезной дестабилизации положения на Ближнем Востоке и в Афганистане, хотя все же способствовала снижению террористической угрозы для США. Был принят и ряд чрезвычайных мер во внутренней политике, главной из которых стал утвержденный в сентябре закон «О сплочении и укреплении Америки путем обеспечения ее надлежащими средствами, требуемыми для пресечения и воспрепятствования терроризму» (не только в обиходе, но и в официальных документах он именуется Патриотическим актом). Он предоставил ФБР право секретно без чьих-либо санкций прослушивать телефонные переговоры и следить за электронной перепиской лиц, подозреваемых в причастности к терроризму (ранее подобное было возможно только по решению суда). Библиотеки обязывались предоставлять сведения о том, какие книги читают подозреваемые, отслеживалось, какие сайты в Интернете они просматривают. Иностранцы, подозреваемые в причастности к терроризму, могли быть арестованы на неопределенное время без предъявления каких-либо обвинений.
Критики назвали этот закон нарушающим Конституцию, что отчасти было правдой. Однако, поскольку постоянно подчеркивалось, что речь идет о мерах чрезвычайных, а США находится в состоянии войны, закон был принят Палатой представителей 357 голосами против 66, а Сенатом 98 голосами против одного. Сразу после его подписания Буш издал исполнительное распоряжение о создании на территории американской военно-морской базы Гуантанамо (Куба) специального лагеря (фактически тюрьмы) для содержания иностранных террористов. Была сознательно выбрана база за пределами США, поскольку на находившихся на ней лиц, не являвшихся гражданами США, не распространялось американское законодательство и права личности никто не гарантировал. Тюрьма начала функционировать в январе 2002 г., когда в нее были доставлены первые заключенные из Афганистана, которые были определены не как военнопленные, а как «комбатанты противника», то есть вражеские боевики. К 2006 г. в этой тюрьме побывало более 750 заключенных. Постепенно кто-то был освобожден, кто-то депортирован, например, 10–15 человек было передано России.
Вскоре после начала работы тюрьмы в прессу стали просачиваться данные о том, что заключенные там подвергаются пыткам. Упоминали об имитации утопления, бессоннице, оглушительной музыке. Правозащитники и журналисты неоднократно обращались с запросами по этому поводу, но прямого ответа так и не получили. В то же время представители администрации Гуантанамо, включая командующего контр-адмирала Джона Ринга, утверждали, что заключенные содержатся гуманно, что существуют программы, позволяющие им заниматься спортом, смотреть телевидение и др. Позже, уйдя в отставку, Буш признавал, что имитация утопления с целью получения показаний предпринималась по его распоряжению. Он оправдывал эти акции, отрицая, что они являются пытками, и говорил, что не жалеет о своем решении, что эти действия были правильными, так как помогали спасти жизни многих людей.
В области борьбы с терроризмом Буш поддерживал отношения и с Российской Федерацией. Он многократно встречался с В. В. Путиным и даже проникся к нему определенной симпатией. Буш посещал Россию в мае 2002 г., а Путин США дважды — в ноябре 2001-го и в июле 2007 г. Кроме того, Буш приезжал в Россию в мае 2005 г. на празднование 60-летия Победы во Второй мировой войне и присутствовал на параде 9 Мая.
Далеко не все действия российского президента Буш одобрял. Публично на эту тему он почти не высказывался, но в личных разговорах был вполне откровенен. После ввода российских войск в Южную Осетию в августе 2008 г. Буш на встрече в Пекине на открытии Олимпийских игр говорил Путину «о его серьезной ошибке и о том, что Россия изолирует себя, если не уберется из Грузии». В следующем месяце, выступая на Генеральной Ассамблее ООН, Буш подтвердил, что США поддерживают грузинскую демократию, территориальную целостность Грузии и осуждают действия России.
Постепенно внимание президента возвращалось к основным внутренним проблемам. Он вступил в должность, когда страна переходила от экономического подъема к небольшому спаду, который через год сменился новым подъемом, с тем чтобы в конце президентства вновь оказаться в кризисе, на этот раз значительно более глубоком (некоторые экономисты даже считали его самым серьезным со времени Великой депрессии). Трудности в 2006 г. начались с ипотечного кризиса, когда массовый характер приобрели невозвраты кредитов на жилье несостоятельными заемщиками. Семьи лишались жилья, за которое уже были уплачены крупные суммы, что вело к недовольству властями, включая президента. Авторитет Буша стал быстро падать.