Когда Бьюкенен приступил к исполнению президентских обязанностей, всю страну будоражило рассмотрение в Верховном суде дела негра Дреда Скотта, бывшего раба из Миссури, теперь проживавшего на территории Миннесоты в качестве свободного человека, который был здесь схвачен властями и отправлен в Миссури в качестве раба. Скотт смог добиться рассмотрения его дела в судах все более высокой инстанции. Делу было придано столь широкое звучание, что Бьюкенен специально остановился на нем в инаугурационной речи. По существу, его слова о том, что рассмотрение дела «Дред Скотт против Сэнфорда» (Джон Сэнфорд претендовал на то, что Скотт является его рабом) должно закрепить «федеральный рабовладельческий кодекс», комментировались как давление на Верховный суд. Действительно, через два дня после инаугурации Верховный суд вынес решение, которое в северных штатах было сочтено шагом к полному возвращению к рабству и потому стоявшему вне какой-либо законной процедуры, а в южных также подверглось осторожной критике, так как могло непосредственно развязать вооруженный внутренний конфликт. Решение гласило: «1. Негр не имеет прав гражданина. 2. Раб, взятый своим хозяином на свободной территории, не имеет права стать свободным. 3. Конгресс не имеет власти запретить рабство на каких-либо территориях, следовательно, Миссурийский компромисс является неконституционным». Иначе говоря, решение высшего судебного органа устанавливало, что рабство законно на всей территории США.
Республиканские лидеры обвинили президента в конспирации с целью полного восстановления рабовладельческой системы. Особенно энергично критиковал его позицию становившийся все более популярным Авраам Линкольн. Так с первых дней пребывания в Белом доме Джеймс Бьюкенен, вместо того чтобы стать символом умиротворения страны, оказался в роли прямого защитника старых порядков. Нельзя сказать, что Бьюкенен действительно был крайним реакционером, сторонником распространения рабовладения на всю страну, как его изображали Линкольн и другие республиканцы. Он ориентировался на джексоновский принцип преимущественного права штатов и был готов принять их решения, в том числе направленные на ограничение или даже отмену рабства.
Естественно, прежде всего он попытался умиротворить «кровоточащий Канзас». Он направил туда в качестве временного губернатора бывшего министра Роберта Уокера с поручением добиться внутреннего согласия, не предрешая вопроса о рабовладении. Хотя сам Уокер был в свое время рабовладельцем, он проявил себя трезвым администратором и уже вскоре после прибытия доложил президенту, что большинство избирателей территории (примерно 2/3) выступает за недопущение рабства. Против губернатора развернулась пропагандистская кампания. Его называли «хитрым предателем», объявляли, что губернатор — «самый ярый аболиционист».
В связи с проблемой Канзаса Бьюкенен допустил серьезную ошибку. Под давлением пропагандистской кампании и согласившись с советами своих министров и советников он не поддержал Уокера. Президент объявил законными выборы в Конвент Канзаса, хотя существовала масса доказательств, что они были проведены с использованием обманных методов и под давлением рабовладельцев. Попытку Уокера распустить Конвент Бьюкенен не допустил. В результате Конвент, собравшийся в городе Лекомптоне, проголосовал за Конституцию, которая узаконивала здесь рабовладельческие порядки. В знак протеста Уокер ушел в отставку, которая была принята президентом. Позже этот деятель полностью поддержал единство США во время Гражданской войны и работал финансовым агентом правительства Линкольна в Европе, собирая средства на помощь своей стране.
Позиция президента усилила размежевание в Демократической партии. В то время как южные штаты поддержали его, представители севера оказались в одном лагере с республиканцами, резко критикуя Бьюкенена за его позицию по канзасскому вопросу. Против Бьюкенена выступил такой авторитетный деятель партии, как С. Дуглас из Чикаго, выдвигавшийся ранее на президентский пост. Бурные прения развернулись в Палате представителей, которой предстояло утвердить или отвергнуть конституцию новой территории, прежде чем она станет штатом. Конституция была отвергнута 120 голосами против 112. Бьюкенен оказался в состоянии войны со значительной частью собственной партии.
Неудачи преследовали президента и по другим вопросам. Во время промежуточных выборов 1858 г. он пытался скомпрометировать своего однопартийца С. Дугласа, но это ему не удалось. Правда, Дуглас проиграл выборы республиканцу Линкольну, но оставался наиболее популярным деятелем Демократической партии в северных штатах. Конфликт с президентом не только не понизил его авторитет, но, наоборот, превратил в фигуру, весьма влиятельную в обеих партиях.