По возвращении в Россию началась работа в земских больницах в городе Ардатове Симбирской губернии, в селах Верхний Любаж и Фатеж Курской губернии, селе Романовка Саратовской губернии и городе Переславль-Залесский. По повестям В. Вересаева и М. Булгакова можно составить верное и красочное представление о быте и работе молодого врача в дореволюционной деревне, сходной оказалась и жизнь земского доктора Войно-Ясенецкого. Талантливый хирург скоро стал знаменитым среди окрестных жителей благодаря удачным операциям, но независимый характер и самостоятельность суждений привели к трениям с земскими управами. Аналитические способности и очевидная склонность к научной деятельности побудили Валентина Феликсовича к написанию докторской диссертации о регионарной анестезии, которую он успешно защитил в 1916 году. Варшавский университет отметил эту работу как «лучшее сочинение, пролагающее новый путь в медицине», премией в 900 рублей золотом, но автор не сумел их получить, не успев представить в Варшаву требуемое количество своей книги. Он трудился не ради денег (хотя жил с женой и тремя детьми на одно жалованье) и не ради славы (хотя признание коллег было приятно). Он трудился потому, что видел в медицинской деятельности путь, указанный ему Богом. Тогда же ему пришла мысль о работе над темой «гнойная хирургия», оказавшейся очень важной впоследствии.
Первая мировая война и революции 1917 года стали важнейшими рубежами в развитии России, отразились они и на жизни доктора медицины. Он оказывается с семьей в Средней Азии, чудом избегает расстрела, в 1919 году в Ташкенте умирает жена. В условиях гражданской войны и разрухи оставшись с четырьмя детьми, из которых старшему было двенадцать, а младшему шесть лет, Валентин Феликсович обращается с молитвой к Богу и скоро получает ответ. Для заботы о детях Господь указал сестру Ташкентской больницы Софью Сергеевну Белецкую, ставшую второй матерью для них, но не женою для него, ибо самому доктору предстояло новое служение.
У земского врача выходных не бывает, воскресные и праздничные дни – самые занятые, поэтому Войно-Ясенецкий в течение тринадцати лет почти не имел возможности бывать на церковном богослужении, несколько лет не говел. Все изменилось в Ташкенте. Потрясения общественные и личные усилили его внимание к духовной жизни. Главный врач городской больницы и заведующий кафедрой Туркестанского университета не только стал постоянным участником церковных служб, но и вступил в церковное братство. Валентин Феликсович регулярно посещал церковные собрания и даже проводил серьезные беседы о вере.
Сейчас нам трудно представить себе, каким поразительным событием оказалось это для ташкентского общества, ведь перед революцией отход интеллигенции от Православия стал почти всеобщим, Церковь отрицали или, в лучшем случае, требовали ее «решительного обновления». Захватившие власть большевики пошли еще дальше и начали борьбу с целью полного уничтожения Церкви, намереваясь заменить для людей веру во Христа верой в идола «коммунизма». По планам Ленина и Троцкого во всей Советской России разгоралась война против Церкви, в которой власть использовала демагогию и открытый террор, угрозы и раскол церковного сообщества. Людям навязывалось представление об ограниченности жизни человека материальными условиями, всякая духовная жизнь отрицалась. Увы, большинство людей смирилось с обстановкой воинствующего безбожия. По улицам многих городов пошли комсомольские антихристианские карнавалы, журнал «Безбожник» издавался многотысячным тиражом, во многих домах на место икон вешали портреты вождей, в школах детям запрещали носить нательные крестики, священнослужители и члены их семей были лишены гражданских прав. В этих условиях любое проявление веры в Бога требовало смелости, а выступление с апологией Православия – немалого мужества.
В 1922 году новоявленные «обновленцы» при поддержке ОГПУ открыто повели дело к расколу и уничтожению Русской Церкви. Патриарх Тихон (Беллавин), названный «врагом Советской власти № 1», находился под арестом, так же как и большинство авторитетных архиереев. Заправилы «обновленчества» объявили себя руководством Церкви, начали вводить изменения в церковной жизни, противоречащие церковным канонам, с помощью чекистов отнимали у «тихоновцев» церкви. Сопротивление им стали оказывать многие архиереи, священники и миряне.