В госпитале рабочий день архиепископа Луки продолжался более 8 часов, ежедневно он делал по 4–5 операций, консультировал молодых врачей, занялся исследованием новых вопросов в хирургии.
С первых дней управления епархией святитель стал добиваться от властей открытия новых церквей, в частности Спасо-Преображенского собора в Тамбове, разрешения на проведение епархиального собрания духовенства и мирян. Ему отказывали. Тем не менее власть отметила его самоотверженное служение в медицине: архиепископ Лука был награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов», а в 1946 году за работу «Очерки гнойной хирургии» ему была присуждена Сталинская премия 1-й степени. Из 200 тысяч рублей премиальных владыка перечислил 130 тысяч в помощь детям, пострадавшим в войне. Жители Тамбова по сей день вспоминают добрым словом святителя-хирурга. Одна из больниц в городе была названа его именем, в 1994 году ему был установлен памятник.
Почему вдруг коммунистическая власть решилась отметить высокой наградой работу своего духовного противника? Очевидно, что в последнюю очередь имелись соображения научные, а в первую очередь – политические. Конец 1945 – начало 1946 годов были временем сохранявшегося сотрудничества союзников, победивших во Второй мировой войне. Сталин рассчитывал на помощь США в восстановлении разрушенного хозяйства СССР, надеялся договориться о сохранении раздела мира великими державами. Поэтому он должен был считаться с мнением не только американского правительства, но и американской общественности, которая возмущалась гонением на Церковь в СССР. В США стало известно о замечательном хирурге в рясе: в прессе появились статьи о нем, интервью, фотографии. Прагматичный вождь решил использовать это обстоятельство. Внутри страны такой демонстративный акт власти после многолетних преследований ею всего, связанного с христианством, должен был способствовать сплоченности общества.
Тем не менее Советская власть не могла изменить своей природы. Было перехвачено письмо архиепископа Луки к митрополиту Николаю (Ярушевичу) от 15 июля 1944 года, в котором святитель предлагал программу активизации деятельности РПЦ: «Не терпит душа, и не могу молчать, видя, что творится в Церкви Божией, – писал он. – О, какая страшная разруха, какой страшный голод духовный, какое множество некрещеных и лишенных христианского погребения, какая беспросветная религиозная тьма. Поскорее, поскорее надо нам, архипастырям, не покладая рук трудиться над восстановлением лежащей в развалинах, в пепле Церкви российской, и покарает нас Господь, если не будем спешить… Простой народ дичает в голоде духовном. Ему надо помочь экстренными мерами в деле восстановления богослужения… Не надо останавливаться перед трудностями, не надо лавировать и изобретать способы человеческие, чтобы обойти их… Вторая причина распространения безбожия и отказа от религии в наших образованных и полуобразованных кругах состоит в том, что скудомыслие и духовное убожество свойственно всякой толпе, все равно, образованной или темной, пожалуй, даже в гораздо большей степени полуобразованной толпе, чем простым, неученым людям, среди которых немало людей ясного ума и глубоких духовных запросов…» Но «люди интеллигентной толпы этого не понимают», и «такие убогие интеллигенты безнадежны для истины». Заместитель начальника Управления агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) Г. Ф. Александров направил копию письма секретарю ЦК ВКП (б) Г. М. Маленкову, известному своей радикально враждебной позицией в отношении к Церкви и вере, с пояснением: «В своем письме Войно-Ясенецкий выдвигает широкую программу активизации деятельности духовенства и непримиримой борьбы церковников против материализма» (146, с. 117–119, 121–122, 321). Тогда святителя Луку власть «взяла на заметку».
В январе 1945 года в Москве открылся Поместный Собор для избрания нового Патриарха. Владыка Лука не получил на него приглашения, потому что не согласился с порядком открытого голосования на Соборе. Однако в феврале новоизбранный Патриарх Алексий I (Симанский) наградил его правом ношения на клобуке бриллиантового креста.
В мае 1946 года владыка Лука был переведен на должность архиепископа Симферопольского и Крымского, к великой печали его тамбовской паствы. Семидесятилетний старец воспринял это как волю Божию. Можно усмотреть в этом решении, явно продиктованном Патриарху Советом по делам религий, отдаленные последствия знаменитой Фултонской речи У. Черчилля, в марте 1946 года сказавшего о «железном занавесе», разделившем Европу, и призвавшего к противостоянию с СССР. Сотрудничество с Западом оказалось невозможным. Вследствие этого наметился резкий поворот и во внутренней политике, ее ужесточение. В этих условиях власти решили убрать подальше слишком яркую и известную фигуру, к тому же известную своей непримиримостью к господствовавшей коммунистической идеологии.