На новом месте архиепископ Лука приступает к своему служению столь же ревностно, как и ранее. Правда, сил становилось все меньше, слабело зрение, и от штатной медицинской службы пришлось отказаться, лишь в отдельных случаях владыка консультировал, нередко поражая врачей точностью диагноза.
Политика Советской власти в отношении Церкви после очевидного подъема патриотизма в годы войны поначалу заметно изменилась. «Надо мягче, – заявил в январе 1945 года М. И. Калинин. – Главное все-таки – пропаганда, разъяснение. Увидел у парня крестик – поговори с ним мягко, скажи о крестике, что это отжившее дело…» (198, с. 329). Однако на местах сохранился «советский дух», враждебное отношение властей к «мракобесам-церковникам». Из опубликованных недавно секретных документов открывается руководящая роль Крымского обкома КПСС в кампании вражды к Церкви и лично архиепископу Луке. Так, в апреле 1947 года секретарь обкома Чурсин предупредил уполномоченного по делам Церкви, что обком партии считает чтение лекций владыкой в рясе «явлением недопустимым, хотя он и лауреат Сталинской премии, и дал указание не допускать чтения лекций и докладов [владыкой] Лукой в своей духовной одежде (в рясе) и если последний желает их делать, то пусть делает в гражданской» (155, с. 38). В следующем докладе уполномоченный сообщает, что архиепископ Лука «…уже с лекциями и докладами по вопросам хирургии не выступает, но больных у себя на дому иногда принимать продолжает» (155, с. 48).
Случалось, коллеги-медики срывали его выступления перед врачами: например, его не допустили читать лекции в Крымском мединституте. «Как вы можете, профессор, верить в Бога, которого никто никогда не видел?» – спросил его как-то один военный хирург. «Вы верите в любовь? В разум?» – задал ответный вопрос архиепископ-профессор. – «Да». – «А вы видели ум?» – «Нет». – «Вот так и я не видел Бога, но верю, что Он есть» (90, с. 68).
Фигура святителя Луки оказалась крайне неудобной не только для власти, но и отечественной интеллигенции. Всей своей деятельностью он недвусмысленно опровергал укоренившееся в России мнение о неизбежности для интеллигента либерального мировоззрения, вольнодумства или безразличия к вере. Он не вписывался и в романтическую дворянскую традицию оппозиционности власти, отсчет которой велся от мятежа декабристов, ведь власть преследовала его не за идеи вольности, не за политику, а за Православие. Он принадлежал к православному меньшинству в образованном слое российского общества, до настоящего времени в целом безразличного к вере.
Главным образом святителю Луке приходилось постоянно спорить с местным уполномоченным по делам религии, отстаивая то свое право перемещать священников, то его обязанность обращаться к архиерею не по имени и отчеству, а «владыко» или «ваше преосвященство». Уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви при Совете министров СССР при Крымском облисполкоме в 1946–1955 годах Я. Жданов часто сообщал в Москву, что архиерей «с моими замечаниями или советами не считается» (155, с. 19). Основной причиной их конфликтов было противодействие уполномоченного открытию новых церквей и стремление к закрытию существующих. Механизм был прост: или уполномоченный длительное время не регистрировал священника, и потому владыка не мог назначить его в храм, который закрывался как «недействующий», или община не имела средств для ремонта здания и тем самым нарушала один из пунктов договора с местным Советом, который получал право закрыть церковь, как «аварийное здание». Во всех случаях владыка категорически отказывался закрывать церкви сопротивлялся до последнего, но возможности его были невелики.
В одном из своих докладов в январе 1948 года Я. Жданов сообщал, что указал архиепископу Луке на отказ общины церкви в селе Черноморском выполнить указание райисполкома о побелке церкви.