После смерти И. В. Сталина наступает новый период в отношениях Церкви и Советского государства, связанный с личностью Н. С. Хрущева. Новый советский лидер, по видимости – искренний романтик коммунизма, был ловким, циничным и жестоким политиком. В ходе шедшей внутри правящего слоя советского общества жестокой борьбы между течениями государственников и партократов он, исходя из честолюбивых побуждений, стал выразителем интересов вторых. И если для Сталина главной его должностью был пост главы правительства, то для Хрущева – главы партии. Начинается возрождение роли Коммунистической партии в качестве ведущей силы советского общества и государства, возрастает роль коммунистической идеологии как единственно возможной и допустимой в советском обществе. Естественным следствием нового курса Хрущева стал поворот вспять в отношениях с РПЦ.
В июле 1954 года было опубликовано постановление ЦК КПСС «О крупных недостатках в научно-атеистической пропаганде и мерах ее улучшения», ставшее строгой ревизией «кремлевского конкордата» 1943 года. По справедливому замечанию протоиерея В. Цыпина, в постановлении «подвергнута жесткой критике та линия в отношениях с Церковью, которую проводил Сталин с 1943 года. Эта политика охарактеризована как “примиренческая”, не соответствующая идеологическим заветам Ленина» (198, с. 363). (Может быть, в этом сказались троцкистские увлечения молодого Хрущева.) Власть смогла легко отказаться от сталинской «новой церковной политики» не только потому, что изменилась воля лидера страны, но и вследствие сохранения старого законодательства о религии, а также пассивного отношения большей части населения к вере и Церкви.
По всей стране поднялась кампания пропагандистской агрессии против Церкви под лозунгами «разоблачения реакционной сущности и вреда религии» и «наступления на религиозные пережитки». В селах и городах местные власти стали закрывать церкви, уничтожать святые источники, привлекать духовенство и верующих к административным наказаниям, комсомольцы хулиганили и сквернословили в храмах. Кампания набрала такой оборот, что власть поспешила ее приостановить. Уж очень провозглашенная война против Церкви контрастировала с декларированными Хрущевым принципами «мирного сосуществования» и «борьбы за мир» во внешней политике, а также курсом «оттепели», отказа от жестокостей сталинского режима во внутренней политике.
Уже в ноябре 1954 года появляется новое постановление ЦК КПСС «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения». Там указывалось на «грубые ошибки на местах», приведшие к «оскорблению чувств верующих», но всем было понятно, что, изменив характер своей антирелигиозной политики, власть не намерена отказываться от самой государственной политики атеизма. При сохранении в неизменности объема внешних связей РПЦ и даже ее активизации в рамках Советского комитета защиты мира деятельность Церкви внутри страны была еще больше стеснена.
Да, возвращались из мест заключения священнослужители и миряне, продолжалось богослужение в церквах, в 1957 году возобновилось богослужение в Троицком соборе Александро-Невской Лавры, к 80-летию Святейшего Патриарха Алексия в газетах была опубликована поздравительная телеграмма главы правительства СССР, но то была короткая передышка перед началом нового «штурма небес».
В октябре 1958 года Совет министров СССР, главой которого ранее стал Хрущев, принял два постановления: «О монастырях в СССР» и «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений, а также доходов монастырей». За ними в 1960 году последовало принятие постановления ЦК КПСС «О мерах по ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах». С 1959 года начал выходить массовым тиражом антирелигиозный журнал «Наука и религия».