Таким образом, Шталь и его последователи, деятельность которых отвечала интересам буржуазии, одержали победу над алхимиками прежде всего потому, что им удалось преодолеть ограниченность алхимических представлений, эмпирических, с одной стороны, и сугубо умозрительных — с другой. Практическое применение "теорий" алхимиков вызывало ненужные затраты времени, труда, человеческих сил и материалов, что тормозило развитие химических знаний и химических ремесел.
Шталь и его ученики отмежевались от алхимиков, чтобы флогистика — новое направление химических исследований — освободилась от "дурной славы" алхимии. Как утверждал Циммерман [42, с. 2], произошедшая при этом постепенная переоценка ценностей привела в результате к тому, что большинство людей "перестали называть химика лгуном и специалистом по подделке золота, как раньше величали алхимиков". И. Юнкер замечал, что алхимия "принесла настоящей химии огромный вред и презрительное отношение общества" [17, т. I, с. 46]. Итогом борьбы сторонников теории флогистона и алхимии явилось опровержение основных алхимических доктрин, показ невозможности на их основе объяснить протекание разнообразных химических процессов. Соперничество между химиками-флогистиками и алхимиками было одной из форм борьбы растущей буржуазии и феодальной аристократии в идеологической и экономической сферах. При этом сталкивались не только два различных взгляда на протекание химических процессов, но и два основополагающих учения о природе и обществе. Сторонники алхимии защищали свое учение с помощью религиозных, мистических, астрологических, каббалистических и магических воззрений, а также опираясь на алхимические традиции и авторитет крупнейших алхимиков прошлого. Прогрессивные же ученые-флогистики считали эксперимент, разум и критическое осмысление наблюдений высшими "судьями", которые должны решать, правильна данная теория или ошибочна. В то время как алхимики искали защиту и покровительство главным образом у аристократии, при княжеских и королевских дворах, химиков-флогистиков поддерживала в первую очередь бурно развивавшаяся буржуазия. Парацельс начал, а Бойль и Шталь продолжили борьбу против защитников алхимических и схоластических учений. Противники алхимии пытались объяснить особенности протекания химических превращений на основе материалистических представлений о природе веществ.
В XVI — начале XVIII вв. положение сторонников теории флогистона нередко было гораздо менее прочным, чем в последующее время. Но следует учесть, что им приходилось бороться с широко распространенными и имеющими богатые традиции представлениями о трансмутациях, подкрепленными неопровержимыми на первый взгляд мнениями выдающихся "авторитетов". Кроме того, нельзя забывать, что противникам алхимии приходилось вести борьбу в условиях, когда феодальные общественные отношения в Европе были еще достаточно прочными.
Эта проблема отчетливо освещается, например, в учебнике Юнкера [17]. Юнкер стремился дать общую оценку алхимии. Но так как он не мог привести неопровержимых доказательств ложности учения о трансмутации, то выступал в качестве "благоразумного и пытливого" ученого, который хотел бы использовать алхимический опыт для расширения своих знаний о химии. Правда, Юнкер замечал, что еще предстоит проверить достоверность этого опыта. Он считал, что процессы трансмутации могут быть использованы для совершенствования химических теорий, если "действие тинктур поможет объяснить нам состав и особенности строения металлов" [17]. Представление о превращении неблагородных металлов в благородные, по мнению Юнкера, полезно, поскольку оно помогает, в частности, рассмотреть процесс "улучшения металлов" ("чистое плавление", легирование), т. е. "частичное превращение", как первую стадию "полного превращения" [17]. Далее Юнкер считал, что такие выдающиеся ученые, как И. Б. Ван-Гельмонт, И. Глаубер, И. Кункель, И. Бехер и И. Бёттгер, столь много сделавшие для развития химии и химических ремесел, не могли придерживаться неверных взглядов, а уж тем более обманывать окружающих [17, т. II, с. 43]. Поэтому Юнкер привел высказывания различных авторов (например, Кункеля, Бехера и других) о том, что им удалось получить из материи с помощью разнообразных трансмутаций "различные тинктуры".
Известный нидерландский врач и химик Бургаве в вышедшей в 1732 г. книге