И все же, несмотря на все трудности, сторонникам теории флогистона удалось одержать решительную победу над алхимиками. Это еще раз подтверждает, насколько велика была необходимость в новом, прогрессивном направлении химических исследований, важных для развития химического производства, теорий и экспериментов.
По словам Юнкера, он написал свой учебник не для тех, кто говорит, что хочет познать "высокие тайны алхимии и философии, а на самом деле стремится к общепочитаемому золоту". Юнкер писал для тех, "кто стремится к истине — несравненно более ценному и вечному идеалу, чем золото" [17]. И когда во втором томе своей книги Юнкер посвятил две главы рассмотрению алхимии, он сделал это не для того, чтобы увлечь кого-нибудь алхимией, а, напротив, чтобы предостеречь от нее. Примечательно, что в немецком издании "Полного руководства по химии..." 1748 г. Юнкер более подробно рассмотрел историю алхимии, чем в предисловии ко второму латинскому изданию этой книги. Он знал, что труд на немецком языке дойдет до более широкого круга читателей, и хотел, чтобы в обеих главах его книги о "частичных и универсальных трансмутациях" публика увидела скрытое предостережение от занятий алхимией. Несмотря на то что Юнкер признавал возможность трансмутации, он критиковал многие сочинения алхимиков средневековья за их мракобесие, бессмысленность, неясность, суеверные суждения, болтовню о "семенах золота" и т. п. Алхимиками, по мнению Юнкера, были написаны "лживые и фальшивые книги", чтобы "водить за нос легковерных" [17]. Далее Юнкер замечал, что многие старинные алхимические трактаты не заслуживают доверия, ибо в "те времена об искусстве плавления металлов знали очень мало". В средневековых исследованиях вряд ли можно было получить "строгое рассмотрение превращения", поскольку алхимики в действительности не могли проникнуть в природу трансмутации. Тогда алхимики накопили лишь некоторые сведения о рудах и об изученных ранее способах получения из них сплавов. Многие алхимические трактаты не заслуживают ныне внимания потому, что в них не содержится новых мыслей и не описываются новые химические процессы. Содержание трактатов повторяет то, что было написано — и чаще даже лучше — в более ранних произведениях. Выступая против "алхимической чумы", или "сумасшествия", Юнкер говорил, что не следует испытывать даже малейшей надежды на успех, работая в этом направлении [17, т. II, с. 32 и сл.].
Сам Кункель, который имел прекрасные условия для алхимических работ и много времени уделял проведению очень трудоемких исследований превращений различных веществ, отмечал: "только немногие могут утверждать, что они получили хоть какое-либо подобие философской тинктуры". Также и Бехер, "превзошедший в познании природы всех предшественников-алхимиков", сообщал о том, что ему не удалось получить философский камень. Его волновала мысль, что "нигде нельзя найти описанный таким образом философский камень или похожую на него аналогичную тинктуру среди тел любой природы" [17, т. II, с. 32 и сл.].
Юнкер в своем учебнике иронизирует над легковерными и отговаривает их от занятий алхимией. Он перечисляет "человеческие и сверхчеловеческие качества", которыми, по его мнению, должен обладать алхимик, чтобы добиться успеха в поисках философского камня. Уже из подобного перечисления следует, что этот камень не дано найти никому. Таким же образом Юнкер критикует тех врачей и алхимиков, которые пытались создать универсальное лекарство. Он считает невозможным, чтобы та же субстанция, которая "изгоняла бы болезни из человеческого тела или в кратчайшее время исцеляла бы внутренности, восстанавливая те их части, которые поразила болезнь ... могла бы обладать вдобавок и той силой, чтобы превращать в золото неблагородные металлы". Кроме того, Юнкер отрицательно относился к слухам о так называемых способах златоделия [17, т. II, с. 28]. Юнкер советовал "пробовать на зуб", проверять всевозможные доказательства алхимиков. Во-первых, следует скептически относиться к утверждению алхимика, будто он работает по "методике", секрет которой либо открыл ему один из великих мастеров, либо был взят им из манускрипта, найденного в развалинах замка или монастыря. Во-вторых, можно потребовать от алхимика, чтобы он сначала за свой счет осуществил трансмутацию и получил хотя бы небольшое количество золота. Лишь затем можно проверять эти эксперименты в больших лабораториях. В-третьих, следует тщательно испытать материалы, с которыми предполагается осуществлять трансмутацию, не содержат ли они золота. В-четвертых, надо очень внимательно осмотреть приборы (колбы, тигли), в которых собираются получать благородные металлы. В-пятых, следует остерегаться мошеннических уловок со стороны алхимиков.