Что же касается Иннокентия, то он больше всего был озабочен устройством жизни шестнадцати своих незаконных детей, за что в насмешку был прозван «Отцом отечества». Кстати, понтифик очень гордился своим потомством. Но и Иннокентий обращал большое внимание на художественное преобразование Рима и Ватиканского комплекса. При нем началась «золотая эпоха» раскопок античного Рима, при нем в Ватикане работали Филиппино Липпи (около 1457–1504 гг.), Андреа Мантенья (1431–1506 гг.) и Пинтуриккьо (Бернардино ди Бетто ди Бьяджо, ок. 1454–1513 гг.). Пинтуриккьо стал любимым художником семейств делла Ровере и Борджа.
Самым колоритным из понтификов рубежа XV–XVI вв. был Александр VI. Он происходил из старинного испанского рода, который в Арагоне был известен как Борха, а в Валенсианском королевстве, куда предки понтифика перебрались в конце XIII в., – как Боржа.
В середине XV в. кардинал Алонсо Боржа переехал в Рим, где его в 1455 г. выберут папой под именем Каликста III. После этого в Рим перебираются и другие представители этого старинного рода, а вместе с ними – юный (он родился в 1431 г.) Родриго, которого отослали для изучения юриспруденции в Болонью. Родриго был племянником кардинала Алонсо, и только благодаря этому получил в 25 лет кардинальскую мантию, а вскоре после этого стал вице-канцлером Римской церкви. При всем при этом Родриго оставался человеком свободных нравов, каким он был в ранней юности, и нимало не заботился о том, как оценивают его поступки другие люди. Он очень любил женщин и легко сходился с ними. Будучи еще в кардинальском сане, он стал отцом четырех детей от своей любовницы мантуанской принцессы Ванноцци (Джованны) Каттанеи: Чезаре (1476–1507 гг.), Хуана (1478–1497 гг.), Лукреции (1480–1519 гг.) и Жофре (1481–1516 гг.). Еще троих родила ему женщина, оставшаяся неизвестной. Во время понтификата его еще дважды осчастливливали отцовством. Его официальной любовницей в те годы стала Джулия Фарнезе (жена Орсо Орсини), которая родила папе сына Джованни (1498–1530 гг.). Родриго, как и его дядя, итальянизировали свое родовое имя и стали называться Борджа.
Современные ученые объясняют повышенный эротизм Родриго, его постоянный поиск физического удовлетворения патологией духовного мира клирика. Избрание кардинала Родриго Ланцола Борджа произошло в Сикстинской капелле в ночь с 10 на 11 августа 1492 г. Избранию предшествовали недолгие переговоры, на которых, по мнению многих исследователей, шел торг за кардинальские голоса. И сразу же после избрания папа Александр VI щедро расплатился со своими главными сторонниками: кардиналами Сфорца, Колонна, Савелли. Так, Асканио Сфорца был назначен вице-канцлером, другие кардиналы также получили земельные наделы или богатые приходы.
В начале своего понтификата Александр принял меры для восстановления порядка в городе и объявил о важных изменениях в экономической политике и об оздоровлении государственных финансов.
Первым политическим актом нового понтифика стало противостояние с французским королем Карлом VIII. Французский монарх, по договоренности с другими коронованными особами Западной Европы, предъявил права на Неаполитанское королевство, находившееся в руках Арагонской династии. Папа воспротивился приходу французов на неаполитанский престол просто потому, что Карла поддерживал миланский герцог Лудовико Моро. Александр испугался, что появление у южных границ Папского государства французов может привести к зависимости Рима от Парижа. Он поспешил заключить союз с Арагоном, женив своего сына Жофре на принцессе Санче, дочери короля Альфонсо II Неаполитанского.
Одновременно произошла коронация Альфонсо II Арагонского в неаполитанские короли. Оскорбленный Карл вторгся со своей армией в Италию. Альфонсо передал корону и титул своему сыну Фердинанду II, а сам отправился на Сицилию. Папа оказался в трудном положении: против него взбунтовались многие римские нобили, в чем современники не без труда узнавали козни кардинала Джулиано делла Ровере (будущего папы Юлия II). Французы продвигались, не встречая никакого сопротивления, и 31 декабря 1494 г. Карл занял Рим. Папа укрылся в замке Св. Ангела, но было ясно, что он не выдержит долгой осады. Александр был вынужден пойти на уступки, и прежде всего он гарантировал французским войскам свободный проход по территории церковного государства.