В 1601 году страну потряс страшный неурожай. Всё лето шли дожди, а потом ударили ранние морозы. То же самое повторилось и на следующий год. В России начался голод. Три года продолжался этот кошмар. Цены на хлеб выросли более чем в сто раз. Люди ели собак и кошек, глодали кору деревьев. Появились даже случаи людоедства. Начались массовые эпидемии, смерть тысячами косила людей. В одной только Москве за эти годы на трёх кладбищах похоронили 127 тысяч человек. Трупы не успевали убирать. А богачи между тем прятали в своих амбарах зерно. Царь пытался установить предел цен на хлеб, даже начал раздавать царские запасы, но всё тщетно. Шайки голодных бродили по стране. То тут, то там вспыхивали народные волнения, мятежи и бунты. Самым крупным из них было восстание в центральных уездах государства под предводительством атамана Хлопка Косолапа (1603 — 1604). В нём в основном участвовали холопы и казаки. С большим трудом правительственным войскам удалось подавить мятеж. Но пламя народного гнева было уже не остановить.
Во всех бедах народ стал винить самого царя. В глазах людей Борис был узурпатором трона. Ведь он не принадлежал к царскому роду, получил власть неправым путём. Неурожаи и мор воспринимались как Божье наказание за принятие «беззаконного царя», уничтожившего старую династию. Теперь мало кто сомневался, что Годунов повинен в гибели царевича Дмитрия. А некоторые обвиняли его и в убийстве Фёдора Иоанновича.
Но если этот царь беззаконен, то где-то должен быть и настоящий, истинный, «природный» потомок царского рода. Люди верили в «доброго» царя, готового прийти на смену Годунову. Народ ждал его. И он появился.
В 1602 году в Речи Посполитой молодой человек, физически крепкий и внешне немного напоминавший погибшего царевича, объявил себя чудесно спасшимся Дмитрием. Согласно проведённому позже сыску, этим молодым человеком был Юрий Богданович Отрепьев, сын небогатого галичского дворянина.
По семейной легенде, род Отрепьевых произошёл из Польши. Своим родоначальником они считали одного из рыцарей, приехавшего на службу к Дмитрию Донскому и сражавшегося в рядах русских полков на Куликовом поле. В юности Юрий находился на службе у Фёдора Никитича Романова, но после его опалы постригся в монахи с именем Григория. Некоторое время он жил в московском Чудовом монастыре и служил патриарху Иову. Вероятно, люди из романовского окружения и внушили Отрепьеву мысль, что он является на самом деле сыном Ивана Грозного — царевичем Дмитрием.
Вдохновлённый этой идеей, Григорий бежал в Польшу. Там он предстал перед видным магнатом князем Адамом Вишнёвéцким и открыл ему свою тайну. Главным покровителем Отрепьева в Речи Посполитой стал воевода города Сандомира Юрий Мнишек. Григорий договорился с ним о женитьбе на его дочери Марине, пообещав ей в случае занятия престола Новгородскую землю. Поляки поддержали самозванца, ведь Отрепьев щедро раздавал обещания. Так, он обязался передать Речи Посполитой Смоленскую и Северскую земли, с потерей которых польское правительство так и не могло смириться. Кроме того, самозванец заручился поддержкой католической церкви. Тайно приняв католичество, Отрепьев после восшествия на престол должен был начать «окатоличевание» русских земель.
Политическая поддержка Речи Посполитой сыграла большую роль в истории Лжедмитрия I. Но и русский народ был готов пойти за самозванцем. Это вскоре показали последующие события.
В конце 1604 года с небольшим отрядом своих сторонников, поляков и казаков, самозванец вступил в пределы Московского государства. Он выбрал не короткий путь — через Смоленск, а длинный — через Чернигов и Северские земли. Там находилось немало казаков и холопов, недовольных политикой Годунова. И тут произошло «чудо». Русские города стали один за другим переходить на сторону Отрепьева. Его воинство росло с каждым днём. Повсюду радостно встречали «законного царя Дмитрия».
Годунов тоже собрал верные силы и под руководством боярина князя Фёдора Ивановича Мстиславского двинул их навстречу врагу. У села Добрыничи в январе 1605 года войско авантюриста было разгромлено. Но это поражение не сломило его. Уверенный в конечной победе, Лжедмитрий быстро оправился от удара и возобновил поход. Царь Борис не на шутку встревожился, власть быстро ускользала из его рук. В этой тревожной обстановке 13 апреля 1605 года Годунов внезапно скончался от апоплексического удара. Ходили слухи, что, не выдержав напряжения, царь принял яд.
Наследником Бориса стал его молодой сын Фёдор, начавший править под руководством матери — Марии, дочери Малюты Скуратова. Однако царствование Фёдора оказалось быстротечным.