Однако заинтересованность в реформах Министерства иностранных дел лишь немногим превышала заинтересованность самой бухарской власти, и история русско-бухарских отношений с 1870-х годов показала, что в тех случаях, когда жизненные интересы России не были затронуты, Бухара могла безнаказанно игнорировать желания своего протектора. Бесплодные реформы эмира Алима 1911 года стали как раз таким случаем. Самсонов, который изменил свое мнение по поводу желательности реформ, поддерживал вопрос на плаву, предложив Петербургу ряд необходимых изменений: перевод всей местной администрации на жалованье, замена традиционного хараджа (налога на урожай) на пропорциональный земельный налог, отказ от закята и аминаны, сбор которых являлся источником многочисленных злоупотреблений. 11 марта 1913 года совещание в Министерстве иностранных дел обсудило предложения Самсонова, но никаких мер принято не было. И, хотя внешне Министерство иностранных дел признавало справедливость критики своей политики в отношении реформ, в действительности оно никогда не отказывалось от своей точки зрения, что политика невмешательства наилучшим образом соответствует интересам России в Бухаре. Как заявил министр иностранных дел С.Д. Сазонов 20 июня 1913 года, «Бухарское ханство, автономное в своих внутренних делах, занимает совершенно особое положение. В то время как мы не придаем нашим отношениям с властями ханства международного или дипломатического характера, мы тем не менее держим в Бухаре специального представителя в лице имперского политического агента, в чьих руках сосредоточены как все наши отношения с эмиром и его правительством, так и надзор за внутренней жизнью ханства. Последняя задача очень сложна, и ее исполнение требует особой взвешенности ввиду крайней необходимости для нас не подрывать власть эмира в глазах его подданных и тщательно избегать всего, что может носить характер прямого вмешательства во внутренние дела ханства с нашей стороны».
Государственная дума дважды коротко обсудила отношения России с ее центральноазиатскими протекторатами. 23 мая 1912 года Дума приняла к сведению отчет своего Комитета по правовым реформам, предлагавшего принять закон, проект которого был внесен четыре года назад министром юстиции, распространявший на Хиву правила экстерриториальной юрисдикции, действовавшие в Бухаре. Депутат от Саратовской губернии граф А.А. Уваров воспользовался случаем, чтобы обвинить местную юстицию ханства, что она действует на основании совершенно произвольных решений правительственных чиновников. Он заявил, что Британия никогда не стала бы терпеть на протяжении 40 лет существование такой системы в вассальных индийских княжествах и что Россия совершает политическую ошибку, позволяя Бухаре и Хиве сохранять такую большую степень автономии в течение столь долгого времени. Уваров предложил, чтобы Дума рассмотрела вопрос о введении в протекторатах российской законодательной системы как для русского населения, так и для местных жителей. Когда Уваров закончил свою речь, председатель Думы закрыл обсуждение, и закон был одобрен в редакции, предложенной министром юстиции.
Более широкая дискуссия по бухарской проблеме имела место в Думе прямо накануне начала Первой мировой войны. 14 июня 1914 года Дума получила доклад Комитета по законодательным и бюджетным предложениям по поводу представленного Министерством иностранных дел плана об увеличении штата политического агентства и повышения чинов, жалованья и расходных средств его членов. Проект Министерства иностранных дел одобрили с минимальными изменениями, внесенными членами комитета, но не раньше, чем они осудили ситуацию в Бухаре, в особенности средневековый характер управления и условий жизни, дающих повод для роста народного негодования. В докладе комитета было заявлено, что система управления Бухары тормозит культурное и экономическое развитие страны и препятствует деятельности русских подданных. В качестве единственного решения назывался активный контроль местного режима со стороны русских властей. Комитет рекомендовал, чтобы Министерство иностранных дел предприняло решительные шаги, вынуждающие эмира в ближайшем будущем провести необходимые реформы.