Никаких указаний по линии Наркомата госбезопасности отдано не было. Более того, в приказе наркома обороны от 12 апреля 1941 г. (№ 0022), по сути дублирующем текст решения Политбюро, появилось весьма важное дополнение: «Согласно просьбе генерал-лейтенанта авиации т. Рычагова командировать его на учебу в академию Генерального штаба Красной Армии». Как видим, ни о каком «обречении на смерть» речи еще не идет. Наконец, уже 4 мая 1941 г., несколько «поостыв», Политбюро принимает следующее решение: «…предложить Прокурору СССР т. Бочкову в отношении генерал-лейтенанта авиации Проскурова и полковника Миронова рассмотреть их дело на суде и, имея в виду их заслуги в Красной Армии, ограничиться общественным порицанием». Учитывая, что советские прокуроры единодушно поддерживали «предложения» Политбюро, инцидент можно было считать исчерпанным, но руководящие органы НКВД посчитали, что из всего этого можно создать крупное дело.
Первый арест по «делу авиаторов», произошел 18 мая 1941 г. когда был арестован начальник Научно-испытательного полигона авиационного вооружения ВВС. Добросовестно работая на такой должности, полковник Шевченко не мог не нажить себе многочисленных и влиятельных врагов. Таким же смертельно опасным было и место начальника НИИ ВВС. Прежний начальник института комбриг Η. Н. Бажанов был расстрелян в 1938 г. Новый начальник НИИ ВВС, известный всей стране по ряду дальних перелетов летчик, испытатель первых серийных боевых самолётов с убирающимся шасси – скоростных истребителей И-14 и И-16, инженер высокой квалификации, кавалер двух орденов Ленина генерал-майор А. И. Филин первое время пользовался большим доверием самого Сталина. Но достаточно было одному из конструкторов доложить Сталину, что А. Филин «тормозит испытание истребителя Як-1 и предъявляет всякие претензии к конструкции», чтобы в судьбе А. И. Филина произошел крутой поворот. Постановление об отстранении
А. И. Филина от должности начальника НИИ ВВС Политбюро ЦК приняло 6 мая 1941 г. Через 18 дней того же года в кабинете Сталина прошло совещание высшего командного состава Вооруженных Сил СССР. Именно с этого дня пошли аресты авиаторов и руководителей в смежных с авиацией областях. Далее участь арестованных определяли заместитель наркома внутренних дел Б. 3. Кабулов – активный организатор сталинских репрессий, генерал-полковник (входил в ближайшее окружение Л. П. Берии) и следователь Л. Е. Влодзимировский (1905–1953), участвовавший почти во всех допросах подследственных. Они не вникали в авиационно-технические подробности, а начали фабриковать обвинение в антисоветском заговоре, добиваясь своего карьерного роста. Этому не приходится удивляться, когда «человеки», не имеющие образования становились генералами и маршалами внутренних войск СССР.
На допросах А. Филина избивали, но он не признавал надуманных обвинений. Преподаватель Академии Генерального штаба генерал-майор И. X. Паука, его сосед по камере, всячески поддерживал его: «Придет время, возможно, но правда восторжествует!». Сам И. Паука, бывший штаб-офицер РИА для поручений по авиации в 1916 г. и командующий 13 армией РККА, умер под арестом в мае 1943 г.
А. И. Филин, как и арестованный позже генерал-полковник А. Д. Локтионов, бывший заместитель наркома обороны по ВВС, выстояли и не признали своей вины. Чудовищно, но Александра Ивановича Филина вместе с рядом руководителей ВВС расстреляли 23 февраля 1942 года– в День Красной Армии. К тому времени справедливость его жестких требований к испытуемым самолетам была со всей очевидностью подтверждена на фронтах Великой Отечественной войны…
На долю Александра Ивановича выпал суровый период в истории нашей страны. Он честно и самоотверженно трудился на благо нашей Родины и внес большой вклад в развитие отечественной авиации. В 1930-е годы А. И. Филин активно участвовал в создании новых самолетов Ил-2, МиГ-1, Як-1, ЛаГГ-3, Пе-2 и Пе-8. Он оперативно организовывал их испытания в НИИ ВВС и сам участвовал в их проведении и доводке.
30 мая 1941 г. арестован Э. Г. Шахт (1904–1942), член ВКП(б) с 1926 г., генерал-майор авиации, помощник командующего ВВС Орловского военного округа. Эрнст Генрихович, немец по национальности, родился в Швейцарии. Приехал на «родину пролетариев всего мира» в возрасте 22 лет, вступил в партию большевиков. Выучился на летчика-истребителя, воевал в небе Испании, за личное мужество и мастерство, проявленные в воздушных боях, был удостоен звания Героя Советского Союза. Теперь, через семь месяцев после ареста, один из выдающихся авиационных командиров, руководитель и участник боевых операций признаётся, что он германский шпион, передававший немцам шпионские сведения о советском самолётостроении, и приговаривается постановлением Особого совещания НКВД к высшей мере наказания. Вскоре была расстреляна его жена. Посмертно реабилитирован в 1955 г.