В 1894 году Андрей Рыкачев окончил с золотой медалью классическую гимназию и поступил в Санкт-Петербургский университет на историко-филологический факультет, но уже через год перевелся на юридический, который и окончил в 1899-м. Государственные экзамены Рыкачев сдал позже, весной 1900 года, в связи с отсрочкой из-за административного наказания, вынесенного ему как участнику студенческих волнений. Среди университетских товарищей Рыкачева немало тех, кто впоследствии приобрел широкую известность в науке и политике (З.Д. Авалов, И.М. Кулишер, Б.Э. Нольде и др.). Именно в студенческие годы, в атмосфере нарастания общественного движения, у А.М. Рыкачева не только формировался устойчивый интерес к научной теории (в основном к проблемам политической экономии), но и происходил стремительный процесс становления мировоззрения, подвергались первым испытаниям на прочность его политические убеждения. Полезным «университетом» для Рыкачева стала поездка весной 1898 года в Тульскую губернию для организации помощи голодающим крестьянам.
Важным этапом в становлении его убеждений явилось увлечение марксизмом: именно с марксистских позиций написано университетское сочинение Рыкачева в защиту теории стоимости – «Доход на капитал» (1898), отмеченное серебряной медалью. Впоследствии эта работа послужила основой для первой научной публикации Рыкачева в журнале «Научное обозрение» – статьи «Учение Бём-Баверка о доходе на капитал» (1900).
Однако остаться при университете для подготовки к профессорскому званию ему не удалось. Причиной стало нежелание руководителя кафедры профессора П.И. Георгиевского взять под свое крыло выпускника-марксиста. И хотя, по словам Рыкачева, у него в это время уже началось «охлаждение к марксизму», «торговать убеждениями» и строить на этом свою карьеру он считал для себя неприемлемым.
В 1899 году А.М. Рыкачев благодаря содействию своего зятя С.Н. Ленина был принят на должность счетчика в Отдел сельской экономии и сельскохозяйственной статистики Министерства земледелия и государственных имуществ. Однако, несмотря на перемену социального статуса и новые обязанности, в главном Рыкачев оставался верен себе: работа в министерстве не только не отдалила его от науки, но, напротив, способствовала расширению исследовательского кругозора, предоставила доступ к новейшим данным о состоянии народного хозяйства России. Ценным опытом стало для него участие в переписи населения Петербурга в 1900 году, а также написание главы «Пути сообщения» для многотомного издания «Россия. Полное географическое описание нашего Отечества» (Т. 3. СПб., 1900).
Мундир правительственного чиновника не умерил политической оппозиционности Рыкачева – по словам П.Б. Струве, «он был слишком независим и своеобразен». В марте 1901 года Рыкачев принял участие в политической демонстрации, после которой его отправили в административную ссылку в Саратов. Там Рыкачеву было суждено провести около двух лет, успешно освоив ремесло литератора-публициста: он печатался в газете «Саратовский дневник», издававшейся председателем губернской земской управы Н.Н. Львовым. По воспоминаниям редактора газеты А.А. Корнилова, Рыкачев – знаток экономики, «очень начитанный и сведущий в области истории» и к тому же владеющий иностранными языками, – блестяще справлялся с обязанностями ведущего иностранного отдела, нередко выступая с оригинальными статьями по различным вопросам общественной жизни в России.
В Саратове судьба свела Рыкачева с людьми различных взглядов: народниками, марксистами, а также теми, кто сочувствовал направлению зарождавшегося тогда либерального Союза освобождения. Однако уже в то время обозначилась характерная для Рыкачева совершенно особая позиция – «вне политических группировок», признание им «безусловного верховенства этического начала над политическим» (А.А. Корнилов), обоснование первостепенности в общественном развитии «духовных факторов жизни» по сравнению с «примитивными потребностями и склонностями людей, их эгоистическими мотивами в социальной деятельности».
По мнению современников, именно «благородная, чистая, глубокая душа и цельная нравственная воля» Рыкачева обусловили тот факт, что «вся его писательская работа», «вся его умственная жизнь» протекали «на передовых позициях»: «Скромной, но твердой поступью, не озираясь по сторонам, оставляя позади себя модные и популярные теории, равнодушный к улюлюканиям… он шел вперед, повинуясь только голосу своей природы. А природа вылила его из одного куска. Борец в благороднейшем смысле слова, идеально бескорыстный, строгий к себе и снисходительный к окружающим, всегда ищущий и далекий от всякого искательства, он был свободным человеком, как никто другой» (Г. Штильман).