Графиня Панина начала свою деятельность вдвоем с Пошехоновой. К ним присоединились сначала одиночки, за ними десятки, а потом и сотни добровольцев, мужчин и женщин, заразившихся их энтузиазмом. Дом на углу Тамбовской и Прилужской улиц, за Лиговским проспектом, стал известен на всю Россию и за ее пределами как «Лиговский Народный дом графини С. В. Паниной». Она по праву снискала славу женщины передовой, «бескорыстно любящей народ». Дом отвечал потребностям своего времени; подобные появились в России еще во второй половине 1880-х годов благодаря предпринимателям Морозовым, Бахрушиным, Корзинкиным. Имелись такие учреждения и в Европе. Панина ездила в Германию, Бельгию, Францию, Англию – знакомилась с тамошним опытом. Современные исследователи Народного дома Паниной как уникальную черту отмечают «благотворительно-нравственный характер его деятельности»: Софья Владимировна отдала Дому «часть своей души». В большом зале (на тысячу человек) устраивались выставки, проводились культурно-просветительные программы, научно-популярные лекции, давались концерты (с участием известных артистов), народные балы, театральные представления. В Народном доме открылись первый в России Подвижной музей учебных пособий и первая общественная обсерватория с высококлассными специалистами. В нем работал детский сад, ремесленные классы, столовая, чайная, библиотека, устраивались воскресные праздники для детей и взрослых и многое другое.
Все это сказывалось на поведении местных жителей, оздоровляло нравственную атмосферу «окраины» Петербурга. Симптоматична, например, аргументация одного рабочего, который урезонивал своего сквернословящего товарища: «Это тебе не Невский проспект, чтобы тут ругаться, а Лиговка, и Народный дом тут, и мы с тобой туда ходим, и ты себя соблюдай!» Это говорилось там, куда обитатели Невского проспекта старались не заглядывать, опасаясь пьяных и грабителей!
Г. И. Васильчиков, вспоминая свои беседы с Софьей Владимировной, отмечал, что в предреволюционные годы она не только настаивала на необходимости нести просвещение в народ и утолять его жажду радости. Она, кроме того, страстно восставала против попыток многих общественных деятелей использовать лишения еще неискушенного в политическом отношении народа для внедрения политических идеологий и для прямой вербовки в ряды партий. Васильчиков пишет: «„На этом, – сказала она мне, – я и порвала с Керенским. Ведь я его взяла на работу в Народный дом. Его рекомендовали мне как многообещающего начинающего адвоката. Зная, что он активный член партии социалистов-революционеров, я взяла с него слово, что он политикой у нас заниматься не будет и вербовать среди наших посетителей не станет… Слово он, к сожалению, не сдержал, и мне пришлось с ним расстаться“. Сказано это было, – подчеркивает Васильчиков, – сухо, но с явным негодованием». Панина писала, что политика, какая бы то ни была политическая пропаганда, явная или тайная, полностью исключались из просветительской деятельности в Народном доме. Ей казалось абсолютно бесчестным навязывать любое политическое учение тем, кто не располагает в этих вопросах ни знаниями, ни пониманием и не имеет, следовательно, возможности выбора. У таких людей отсутствует критическое отношение, способность внимать разумным доводам, поэтому обычно на них воздействуют с помощью демагогии, взывая к элементарным, а часто низменным инстинктам. Эти приемы политической пропаганды, откуда бы она ни исходила, от крайне правых или крайне левых, – в корне расходились с ее взглядами и взглядами ее сотрудников на обязательную честность просвещения. Злоупотреблять невежеством и умственной беспомощностью слабейшего, «когда ты становишься его „учителем“, считалось нами так же непозволительно, как злоупотреблять силой по отношению к ребенку».
Однако благородная просветительская деятельность вызывала явное неудовольствие властей. В 1902 году на Панину даже было заведено дело в Департаменте полиции: она оказалась в квартире Е. Д. Стасовой на лекции М. И. Туган-Барановского. А 9 мая 1906 года в Народном доме графини на трехтысячном митинге под псевдонимом Карпов выступил В. И. Ульянов-Ленин. Такого разговора, как с Керенским, у Паниной с Лениным не произошло, но больше в Народном доме он не появлялся.